До объединения:

После объединения:

Пробывал следующее:
Копировал один и тот же объект, после чего "сливал" в один - результат тот же (было подозрение из за нормалей модели, но это не подтвердилось)
Соединял командой "3D layer to feature class" указывал одинаковое поле - результат тот же.