ПЕРВЫЙ СПОСОБ. Доступен начиная с версии 7.7.
Редактором примитивов (стрелкой) выберите наружный полигон. Нажмите правую клавишу и выберите Ножницы (или Режим обрезки гор. клав. W). Укажите ВНУТРЬ полигона, который надо вырезать из внешнего. Всё.

ВТОРОЙ СПОСОБ. Более поздние версии
Выберите Групповые ножницы (Alt+W). Удерживая Ctrl (Ножницы со стрелкой) укажите на НЕСКОЛЬКО полигонов, которые надо вырезать. Нажмите правую клавишу и выберите "Вырезать и удалить".

Начиная с версии 8.5, вырезаемые полигоны можно заранее выбрать Групповым редактором и затем вызвать Групповые ножницы.
Однако вырезающие полигоны не должны быть вложены или перекрываться - иначе они порежут друг-друга. Что бы этого не случилось - "заморозьте" слой "вырезающих" полигонов. Причина в том, что Групповые ножницы режут не полигонами а копиями их границ. Для них, полигоны чьи границы унаследовали ножницы - такой же предмет для упражнения в обрезании...
В старших билдах 8.5, на панели управления Групповыми ножницами можно явно указать какие именно слои надо резать. Остальные затронуты не будут.
ТРЕТИЙ СПОСОБ. Начиная с версии 8.6
Вызовите утилиту топологии "Вычитание полигонов" ...