GIS-LAB

Географические информационные системы и дистанционное зондирование


Форумы GIS-Lab.info

Геоинформационные системы (ГИС) и Дистанционное зондирование Земли


Начало работы с openModeller

Обсуждение материалов сайта: вопросы, замечания, предложения

Начало работы с openModeller

Сообщение updates-bot » 17 май 2011, 21:21

Обсуждение статьи "Начало работы с openModeller"

http://gis-lab.info/qa/openmodeller-intro.html
  • 1

updates-bot
Bot
 
Зарегистрирован: 04 фев 2008
 
Сообщения: 276
Репутация: 2

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение Catharsis » 18 май 2011, 11:58

здорово! Вот бы еще для QGIS в виде плагина получить - вообще цены б не было...
  • 0

cogito ergo sum
Аватара пользователя
Catharsis
Активный участник
 
Зарегистрирован: 18 дек 2008
Откуда: Воронеж (на карте)
 
Сообщения: 188
Репутация: 21

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение Максим Дубинин » 18 май 2011, 12:34

он наоборот, сам QGIS в виде плагина использует
  • 0

пристегивайтесь, турбулентность прямо по курсу
Аватара пользователя
Максим Дубинин
NextGIS
 
Зарегистрирован: 06 окт 2003
Откуда: Москва (на карте)
 
Сообщения: 8781
Репутация: 597
Статьи: 231
Проекты: 12/6

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение Catharsis » 18 май 2011, 13:19

"Также существует расширение для QGIS, позволяющие ставить эксперименты и просматривать результаты не покидая ГИС." А что здесь имелось в виду?
Там еще про компиляцию что-то говорилось
  • 0

cogito ergo sum
Аватара пользователя
Catharsis
Активный участник
 
Зарегистрирован: 18 дек 2008
Откуда: Воронеж (на карте)
 
Сообщения: 188
Репутация: 21

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение Voltron » 18 май 2011, 16:36

Внесу ясность.

openModeller можно собрать как с поддержкой QGIS, так и без нее (можно сказать, что QGIS используется в виде расширения, но это не совсем правильно). Если поддержка QGIS включена, то результаты эксперимента можно просматривать на карте в самом openModeller (как на этом скриншоте). Если же поддержки QGIS нет — доступен только табличный вид и отчет о результатах. Но при этом никто не мешает открыть полученные растры и вектор в любой ГИС.

Кроме openModeller Desktop существует и расширение для QGIS (скриншот). Т.е. находясь в QGIS можно загружать данные о точках встреч видов, управлять наборами слоёв и ставить эксперименты. Все это без запуска openModeller Desktop
  • 1

Voltron
Гуру
 
Зарегистрирован: 29 мар 2007
Откуда: Ukraine (на карте)
 
Сообщения: 2627
Репутация: 32
Статьи: 31
Проекты: 4/1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение bolotoved » 22 май 2011, 07:51

Пробовал загружать в моделлер TIFF и IMG, тифы вообще не видит, а при загрузке IMG вылетает. Странно, потому как сохранять в эти форматы OpenModeller умеет.
Получается, что перед загрузкой своих растров в модель необходимо конвертировать их в *.ASC.
  • 0

bolotoved
Гуру
 
Зарегистрирован: 30 дек 2008
Откуда: Ханты-Мансийск (на карте)
 
Сообщения: 880
Репутация: 220
Статьи: 4
Проекты: 1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение Voltron » 22 май 2011, 20:15

Странно. Для работы с растрами openModeller использует GDAL, соотвественно, должены читаться все поддерживаемые форматы.

Проверил у себя, и TIFF и IMG открылись без ошибок. Подсунул их в модель, тоже все отработало. Возможно у вас что-то не так с GDAL?
  • 0

Voltron
Гуру
 
Зарегистрирован: 29 мар 2007
Откуда: Ukraine (на карте)
 
Сообщения: 2627
Репутация: 32
Статьи: 31
Проекты: 4/1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение bolotoved » 22 май 2011, 21:29

Да действительно, тифы открываются. Нужно внимательнее нажимать кнопки добавления слоев, там как-то это не очевидно делается.
А IMG вылетает если в нем более одного слоя. С одинарными все работает.
Спасибо.
  • 0

bolotoved
Гуру
 
Зарегистрирован: 30 дек 2008
Откуда: Ханты-Мансийск (на карте)
 
Сообщения: 880
Репутация: 220
Статьи: 4
Проекты: 1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение bolotoved » 18 июн 2011, 10:28

В настройках моделей есть очень полезная функция -- учитывать точки, где вид точно не встречается. В данном случае во входном файле прописывается параметр abundance. Но по умолчанию модель этот параметр не учитывает. Проблема в том, что и при создании редактируемой копии модели, поставить галочку "use abundance" в настройках модели не получается. Может нужно еще где какие-то настройки поменять, чтобы эту возможность активировать?
  • 0

bolotoved
Гуру
 
Зарегистрирован: 30 дек 2008
Откуда: Ханты-Мансийск (на карте)
 
Сообщения: 880
Репутация: 220
Статьи: 4
Проекты: 1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение bolotoved » 18 июн 2011, 15:07

И еще проблема. Правильно ли я понимаю, что в OpenModeller есть ограничение на размер входного растра? Например, Landsat 5 целиком отдельные TIF Layer manager OpenModellera не видит (если сделать вырезку примерно в четверть снимка, то начинает видеть). Если же грузить целый слой Landsat в виде IMG или ASC-форматах, то Layr Manager их видит, но при запуске модели OpenModeller вылетает.
  • 0

bolotoved
Гуру
 
Зарегистрирован: 30 дек 2008
Откуда: Ханты-Мансийск (на карте)
 
Сообщения: 880
Репутация: 220
Статьи: 4
Проекты: 1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение Voltron » 21 июн 2011, 19:40

bolotoved писал(а):Проблема в том, что и при создании редактируемой копии модели, поставить галочку "use abundance" в настройках модели не получается. Может нужно еще где какие-то настройки поменять, чтобы эту возможность активировать?

Что-то не могу найти такую настройку. «Use absence data» есть (на вкладке Description), а «use abundance» не вижу, возможно, из-за того, что у меня версия из svn и там ее просто переименовали. Если это она, то этот флажок только для чтения. Он просто показывает нужны или нет алгоритму данные о точках, где вид не встречается.

bolotoved писал(а):И еще проблема. Правильно ли я понимаю, что в OpenModeller есть ограничение на размер входного растра? Например, Landsat 5 целиком отдельные TIF Layer manager OpenModellera не видит (если сделать вырезку примерно в четверть снимка, то начинает видеть). Если же грузить целый слой Landsat в виде IMG или ASC-форматах, то Layr Manager их видит, но при запуске модели OpenModeller вылетает

Не замечал такой проблемы, и не могу воспроизвести. Склеил полную сцену Landsat (~410 Мб), растр виден в Layerset Manager'e. Можно пример такого растра?

А вот вылет подтверждаю, правда, еще не разбирался кто виноват. Можно попробовать запускать модель из командной строки, по заявлениям разработчиков тяжелые задачи лучше обсчитывать именно так.
  • 0

Voltron
Гуру
 
Зарегистрирован: 29 мар 2007
Откуда: Ukraine (на карте)
 
Сообщения: 2627
Репутация: 32
Статьи: 31
Проекты: 4/1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение bolotoved » 21 июн 2011, 20:48

Сорри, я имел в виду конечно «Use absence data». Просто в описании использовании этой функции, колонка называется "Abundance" и написано, что "An abundance of 0 is used to indicate an absence record".
Памятуя о "Note that not all openModeller algorithms support the use of absence data." я погонял разные модели на одном и том же растре, но с двумя разными txt (в одном из них были только точки мест нахождения, в другом -- точки, где вид точно не может встречаться). Но поскольку результат во всех случаях был таков, как будто модель воспринимала точки отсутствия за точки присутствия, то я решил, что нужно поставить тот самый крыжик на вкладке Description. Теперь более внимательно пригляделся к результатам, похоже, все таки SVM-модель воспринимает absence-данные. Нужно будет поэксперементировать более тонко.
На счет растра: -- это просто 1-й слой Landsat 5. Почему-то Layerset Manager у меня его не видит, при этом четвертину от него видит. Попытался прикрепить, но он больше 10мб и в итоге не прикрепился. Могу выложить куда-нибудь в другой место.
Voltron писал(а):Можно попробовать запускать модель из командной строки, по заявлениям разработчиков тяжелые задачи лучше обсчитывать именно так.

Попробую на досуге.
  • 0

bolotoved
Гуру
 
Зарегистрирован: 30 дек 2008
Откуда: Ханты-Мансийск (на карте)
 
Сообщения: 880
Репутация: 220
Статьи: 4
Проекты: 1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение udav » 13 окт 2011, 00:57

23 параметра в данном примере - это мало.
Распространение растения зависит от сотен разных параметров.
Это очень грубый анализ фундаментальной ниши.
Например: вместо слоя по температуре нужны слои по сред\мин\макс температурам по каждому месяцу, сочетанию средней дневной с определенным количеством осадков, наличию заморозков в мае, и т.д., и т.п.... по одной только температуре...
  • 0

udav
Завсегдатай
 
Зарегистрирован: 06 фев 2006
 
Сообщения: 251
Репутация: 36

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение Voltron » 13 окт 2011, 12:40

Это пример, а не фундаментальное исследование.
  • 0

Voltron
Гуру
 
Зарегистрирован: 29 мар 2007
Откуда: Ukraine (на карте)
 
Сообщения: 2627
Репутация: 32
Статьи: 31
Проекты: 4/1

Re: Начало работы с openModeller

Сообщение udav » 17 окт 2011, 01:30

Естественно, но вопрос не в этом.
Работает ли штука с количеством слоев, которое apriori необходимо для анализа фундаментальных ниш - то есть сотнями, или хотя бы многими десятками?
Если нет - то это не инструмент для заявленной задачи, а пока просто игрушка.
  • 0

udav
Завсегдатай
 
Зарегистрирован: 06 фев 2006
 
Сообщения: 251
Репутация: 36

След.

Вернуться в Материалы сайта

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 5


(Геокруг)

© GIS-Lab и авторы, 2002-2013. При использовании материалов сайта, ссылка на GIS-Lab и авторов обязательна. Содержание материалов - ответственность авторов (подробнее).