В ней находится большое множество моделей (мульти-патчей)
В какой то момент происходит перехлест текстур этих моделей. Факт наложения одной модели на другую - отсутствует.
Это происходит и когда ГИС находится далеко от нуля, и когда относительно недалеко (в тысячи км). Единственная разница (он же парадокс) - чем ближе к нулю и чем больше ты "загружаешь" сцену, тем меньше происходит перехлест текстур, а чем дальше от нуля, наоборот, чем больше "загружаешь" сцену, тем больше происходит перехлест текстур.
Помогает лишь пересбор всей сцены целиком, но это нецелесообразно, т.к. иногда на это тратиться много времени да и работать слишком неудобно (после 3-4 часов работы в сцене, перехлест всё же случается и снова пересбор сцены)
Картинки перехлеста текстур.



Пробовал "играть" с разрешением feature class - результат тот же.
Также менял приоритет прорисовки текстур - не помогло.