Для базового использования SAGA документация ни к чему. А по числу алгоритмов "геопроцессинга" эта система не уступает GRASS (только без векторной топологии, 3D растров, LRS, сетей и т.д.)как-то сходу я не нашел к ней документации
С офф. сайта: sourceforge.net/projects/saga-gis/files/SAGA%20-%20Documentation/SAGA%202%20User%20Guide/ -- недавно обновлённое руководство пользователя. + там же ещё статейки лежат.