не очень понятно, что такое "ручей", но если это постоянный водоток, не сильно меандрирующий, и реально есть поперечные профили, и есть береговая линия - в общем, если поперечный профиль не сильно меняется по форме, то мы просто использовали "шпангоуты" - модель поперечного профиля от берега до барега, которую "двигали" вдоль водотока и корректировали так, чтобы совместить с имеющимися отметками.
Если точки расположены нерегулярно (нет поперечных сечений), то Ёкселем не обойтись, но задача решаемая, если есть модель поперечного сечения.
P.S. В силу профдеформации, никаких Цывилов и прочих Акадов, все на чистом С
P.P.S. Да, и делалось все это в криволинейной системе координат, когда одна ось направлена влроль потока, а сечения поперек нее. И интерполировать лучше в ней же, с аннизотропией (грубо говоря, по потоку в километрах, поперек в метрах). Это все позволяет сократить артефакты.