Новая версия FWTools 2.0.8, в числе из замеченного включает векторизатор gdal_polygonize, который правда пока запустить не удалось. В FWTools из-за старой версии включенного в него питона какие-то непорядки с bindings, из-за чего собственно скрипт и не запускается, причем FW обещает версию не менять.
Видимо все идет к тому, что пользоваться надо будет новым сборником – OSGeo4W, который использует инсталлятор подобный Cygwin’овскому, устанавливающий пакеты сразу с зависимостями и исходниками. Очень удобно, но скрипт все равно не запускается, ни в Win, ни в Ubuntu. Голову уже сломали.
Вроде удалось запустить векторизатор gdal_polygonize, вот тут небольшое описание http://gis-lab.info/forum/viewtopic.php?t=2601. Если кто воспроизведет этот процесс, пожалуйста, отпишитесь о результатах в форуме.