Если Вы устанавливали rgdal для R версии 2.4.1 и ниже, то после обновления R до 2.6.1 rgdal работать не будет, а будет ругаться на ошибку с загрузкой пакета sp. R не проверяет обновления пакетов при обновлении основного пакет, но в нем есть удобный инструмент для обновления установленных пакетов, которых при активной работе собирается немало. В них выведены все дополнительные возможности и процедуры обработки данных.
Запуск процесса обновления делается через меню Packages\Update packages, после чего R проверит есть ли новые версии для пакетов и предложит выбрать те, которые Вы хотите обновить. Таким образом после обновления самого R не забудьте обновить также пакеты.
