Ну и берег нужно обозначать явно (глубина 0 например)
вот для того, чтобы отрисовать берег с существующих растровых картматериалов и нужен Didger, если конечно у Вас нет векторных данных... Когда-то приходилось строить изобаты озер, правда мелких для расчета объемов воды на спец.водопользование, границы цифровал в MI, сохранял в MIF, в блокноте переделывал его в BLN, данные по глубинам брал с полевых материалов (бурили, измеряли глубину, координировали навигатором), в Surfer оформляли отчетные материалы: схема изобат, расчет объемов озерной котловины, 3D вид.
Связка MI+VM не намного сложнее...
причём консольный "интерфейс" -- самый продуманный и стабильный, проверенный десятилетиями
уважаемые коллеги, да кто же спорит, но каждому свое..., так же как
с открытым исходным кодом
, положа руку на сердце, у 98% пользователей "рука не поднимается" на работу с такими программами и надобности в программировании..., ну а для 2% - это не актуально, т.к. они способны освоить или "написать" сами все что им нужно...
а в сторону QGIS посмотрите в любом случае - она же бесплатная, и "общение" с программой привычное, возможно и модули по интерполяции уже есть написанные (не интересовался)...