STRM участки без данных

[gamm]

Не стоит забывать, что SRTM построена на эллипсоиде WGS84.

там вроде EGM
"The SRTM vertical datum is mean sea level and is based on the WGS84 Earth Gravitational Model (EGM 96) geoid."

[Алекс]

1. Проанализированная мной точка очень далека от любой водной поверхности.
2. Используемый мною набор AW3D30 - не на WGS84, а на Геоиде.

Проблема не в исходном TIFF, там адекватные, хоть и отрицательные высоты. Проблема в том, что в Вашем случае QGIS воспринимает отрицательные высоты как аномальные.