Edge & Circle Detection in Images

Вопросы по статистическому пакету R. Не обязательно гео.
Ответить
bolotoved
Гуру
Сообщения: 920
Зарегистрирован: 30 дек 2008, 14:11
Репутация: 236
Откуда: Ханты-Мансийск
Контактная информация:

Edge & Circle Detection in Images

Сообщение bolotoved » 14 янв 2013, 05:54

Проблема: есть множество отсканированных карт распространения биологических видов. На контурной карте точками отображен ареал вида. Нужно автоматизировать процесс распознавания таких точек и эксракцию координат их центров в таблицу.
Есть статья, как подобная задача решается в MathLab: http://blogs.mathworks.com/pick/2008/05 ... -an-image/ на примере распознавания клеток на микрофотографии.
Ранее в R был модуль edci (Edge Detection and Clustering in Images), с помощью которого, вероятно, можно было бы решить данную задачу. Но этот модуль по каким-то причинам был удален из репозитория R, хотя код его остался (на C++).
М.б. есть еще какие-то модули для R позволяющие решать сходные задачи?

gamm
Гуру
Сообщения: 4048
Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
Репутация: 1050
Ваше звание: программист
Откуда: Казань

Re: Edge & Circle Detection in Images

Сообщение gamm » 14 янв 2013, 07:01

bolotoved писал(а):Проблема: есть множество отсканированных карт распространения биологических видов. На контурной карте точками отображен ареал вида. Нужно автоматизировать процесс распознавания таких точек и эксракцию координат их центров в таблицу.
это задачка не для R, возьмите пакет ITK (http://www.itk.org/), это открытое ПО. Можете скомпилировать сами под свою машину, и там вроде есть бинарники.

P.S. И из сообщения непонято, что вы хотите распознавать - точки или ареалы (площадные объекты). Если точки (значки), то хватит элементарной корреляции с заданным паттерном. Пакет, который в Матлабе, использует преобразование Хафа и ищет окружности в пространстве образов. Скорее всего, в ITK он тоже есть, по крайней мере есть бинарник с именем HoughTransform2DCirclesImageFilter.exe :mrgreen:

bolotoved
Гуру
Сообщения: 920
Зарегистрирован: 30 дек 2008, 14:11
Репутация: 236
Откуда: Ханты-Мансийск
Контактная информация:

Re: Edge & Circle Detection in Images

Сообщение bolotoved » 14 янв 2013, 12:44

gamm писал(а):И из сообщения непонято, что вы хотите распознавать - точки или ареалы
Распознавать нужно именно точки.

Да действительно, народ для таких целей не рекомендует использовать R. А чем хорош именно ITK, почему не более широко известный ImageJ?

Нашел инструкцию по детекции окружностей для ImageJ в данном плагине также применяется трансформация Хафа.

gamm
Гуру
Сообщения: 4048
Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
Репутация: 1050
Ваше звание: программист
Откуда: Казань

Re: Edge & Circle Detection in Images

Сообщение gamm » 14 янв 2013, 17:16

bolotoved писал(а):А чем хорош именно ITK, почему не более широко известный ImageJ?
ну, хотя бы потому, что ITK - профессиональная система обработки медицинских изображений, написанная на нормальном языке программирования. В остальном - дело вкуса.

Александр Мурый
Гуру
Сообщения: 5173
Зарегистрирован: 26 сен 2009, 16:26
Репутация: 793
Ваше звание: званий не имею
Откуда: Москва

Re: Edge & Circle Detection in Images

Сообщение Александр Мурый » 14 янв 2013, 18:09

А в OTB этого случайно нет?
Редактор материалов, модератор форума

gamm
Гуру
Сообщения: 4048
Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
Репутация: 1050
Ваше звание: программист
Откуда: Казань

Re: Edge & Circle Detection in Images

Сообщение gamm » 14 янв 2013, 18:12

там только "линейный" Хаф, циркулярного я не нашел

P.S. возникло ощущение, что OTB написан (местами) поверх ITK ...

Аватара пользователя
Максим Дубинин
MindingMyOwnBusiness
Сообщения: 9128
Зарегистрирован: 06 окт 2003, 20:20
Репутация: 747
Ваше звание: NextGIS
Откуда: Москва
Контактная информация:

Re: Edge & Circle Detection in Images

Сообщение Максим Дубинин » 14 янв 2013, 19:49

gamm писал(а):P.S. возникло ощущение, что OTB написан (местами) поверх ITK ...
Так оно так и есть http://orfeo-toolbox.org/otb/

Для выделения таких вещей еще хорош OpenCV
пристегивайтесь, турбулентность прямо по курсу

gamm
Гуру
Сообщения: 4048
Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
Репутация: 1050
Ваше звание: программист
Откуда: Казань

Re: Edge & Circle Detection in Images

Сообщение gamm » 14 янв 2013, 20:18

Максим Дубинин писал(а):Для выделения таких вещей еще хорош OpenCV
не, там много чего нет. Даже если использовать вместе с платными интеловскими IPP+MKL. К тому же это библиотека, а ITK подобен GDAL, т.е. имеет набор готовых утилит, позволяющих не-программисту собрать цепочку обработки. Там еще вроде даже есть и GUI какой-то.

Ответить

Вернуться в «R»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 6 гостей