RTFM
указываем число реальных ядер, будет запущено столько же копий R (у меня Ryzen 7 5800x, 8 ядер). Там накладные расходы на запуск высокие, имеет смысл только при большом числе permutations, см. примеры ниже с 100 и 500 permutations
Код: Выделить всё
> library(vegan)
> N=1000
> x=matrix(rnorm(N*5),ncol=5)
> g=sample(1:10,N,replace=TRUE)
> F <- vegdist(decostand(x, "norm"), "euclidean", upper = T)
> start_time <- Sys.time()
> res <- anosim(F, g, permutations = 100)
> end_time <- Sys.time()
> end_time - start_time
Time difference of 8.793276 secs
>
> start_time <- Sys.time()
> res <- anosim(F, g, permutations = 100, parallel=8)
> end_time <- Sys.time()
> end_time - start_time
Time difference of 10.42982 secs
#=======================================================================
> N=1000
> x=matrix(rnorm(N*5),ncol=5)
> g=sample(1:10,N,replace=TRUE)
> F <- vegdist(decostand(x, "norm"), "euclidean", upper = T)
> start_time <- Sys.time()
> res <- anosim(F, g, permutations = 500)
> end_time <- Sys.time()
> end_time - start_time
Time difference of 43.34616 secs
>
> start_time <- Sys.time()
> res <- anosim(F, g, permutations = 500, parallel=8)
> end_time <- Sys.time()
> end_time - start_time
Time difference of 17.84001 secs