Биостатистика в R - изучение с примерами

[Natalia Novoselova]

Ищу возможность быстрого погружения в сферу биостатистики в R. Пособий - много. Но хотелось бы найти - tutorials\manuals с примерами данных для проделывания тестов самостоятельно по пособию. То есть - с архивом всех исходных данных и с описанием примеров проведения статистических тестов.

Пока, что есть у меня (хотя находится и больше) - хоть речь идет о примерах, но найти по ним данные пока не смогла.
Numerical Ecology with R, Borcard et al 2011.
Biostatistics Design and Analysis with R, a Practical Guide, Murray Logan

Ну и с примерами, которые можно прорешать самому - их мало никогда не бывает, так намного понятней, чем читать описания тестов или теорию без тестов.

Если кто-то знает такие пособия по биостатистики в R с примерами и данными к ним - буду очень признательна за ссылки.

[gamm]

1) Numerical Ecology with R, Borcard et al 2011.
2) Biostatistics Design and Analysis with R, a Practical Guide, Murray Logan

вам обе не годятся - (1) потому, что это в основном популяционная экология, а (2) - потому, что это планирование экспериментов. Возьмите Зуура, которого я вам уже советовал - он рассчитан на биологов, там есть код и данные на все основные случаи жизни, можно все повторить и разбираться. И он без лишней математики, выходящей за пределы стандартного университетского курса. Вам нужна Пуассоновская регрессия, поскольку у вас счетчики (количества наблюденных птиц не хватает для применения нормального распределения). Для простого сравнения можно взять модель с одним фактором, утро/вечер, тепло/холодно, и оценить значимость. В этой же книжке детальная инструкция, как проверить адекватность модели.

[Natalia Novoselova]

Вы имеете в виду какую из книг Alain F. Zuur ?

У него есть A Beginner's Guide to R (Use R!) - вероятно, она есть в открытом доступе на сайте R.

Но, вероятно, скорее всего это книга "Analysing Ecological Data (Statistics for Biology and Health) " ?

Вероятно, эта книга в открытом доступе уже не находится, с ходу попробовала поискать - вышла только на какие-то подозрительные ресурсы, с которых боюсь скачивать. Но - если это именно та книга, то еще поищу, может быть есть все-таки.

[Natalia Novoselova]

Возьмите Зуура, которого я вам уже советовал - он рассчитан на биологов, там есть код и данные на все основные случаи жизни, можно все повторить и разбираться. И он без лишней математики, выходящей за пределы стандартного университетского курса. Вам нужна Пуассоновская регрессия, поскольку у вас счетчики (количества наблюденных птиц не хватает для применения нормального распределения). Для простого сравнения можно взять модель с одним фактором, утро/вечер, тепло/холодно, и оценить значимость. В этой же книжке детальная инструкция, как проверить адекватность модели.

Вы не могли бы уточнить название книги? Поскольку там их несколько и в свободном доступе нет ни одной, так не посмотришь.

[Natalia Novoselova]

На биологическом форуме Шипунова мне также порекомендовали следующие ресурсы:

1. Плавинский С.Л. Введение в биостатистику для медиков. - М.: Акварель, 2011. - 584 с.
2. http://www.ozon.ru/context/detail/id/7952180/
3. http://r-analytics.blogspot.ru/p/blog-p ... 2ziOPl5Pv1
4. http://rt.uits.iu.edu/visualization/ana ... /index.php

Из всего перечисленного - и по свободному доступу для скачивания, и по близости к моим задачам (статистика в R для новичков с примерами скриптов) порадовал ресурс R: Анализ и визуализация данных

[Natalia Novoselova]

2. http://www.ozon.ru/context/detail/id/7952180/

И также эта книга А.Б. Шипунова и соавторов "Наглядная статистика. Используем R!" - для моего случая задачи вхождения и в практическую статистику, и в R, при первом просмотре кажется очень полезной. Так как объяснено просто и понятно, даны примеры скриптов в R. После чтения самых основ (сути языка R и общего подхода к стат. анализу в биологических задачах) - думаю, уже можно продолжить с этого уровня.
Буду пробовать.


P.S. Книгу я попросила у самого автора, который не отказал мне в просьбе передать ее в виде файла. Также Алексей Шипунов сообщил, что собирается, вероятно, ее выложить в этом году в сеть. Однако, если у кого-то есть потребность в этой книге раньше, они могут (как и я это сделала) обратиться к нему лично с этой просьбой через био-форум.