У GDAL почему-то проблемы со считываем метаданных о географическом положении

И gdalinfo их не видит. Но они там есть.
Предлагаю такой сценарий для работы "вручную", при необходимости (большом количестве снимков) можно автоматизировать.
1. Нужно прочитать из метаданных координаты границ снимка, они там называются UpperLeftPointMtrs и LowerRightMtrs. Можно взять бесплатную Panoply (
https://www.giss.nasa.gov/tools/panoply/), ей открыть ваш .h5 файл и пойти в дереве структуры в HDFEOS/GRIDS/NPP_Grid_16Day_VI_500m/_HDFEOS_CRS. В свойствах этого элемента дерева и будут эти метаданные.
3. Запускаем osgeo4w shell, которая ставится вместе с QGIS в windows (в linux откроем терминал), переходим в директорию со снимком (cd <путь>)
4. Выполняем gdalinfo <имя файла> (например gdal_info VNP13A1.A2020225.h19v03.001.2020241080328.h5). В выводе видим информацию о всех датасетах внутри набора. Ищем нужный, например NDVI. Нам нужно полное имя, в моём случае такое: HDF5:"VNP13A1.A2020225.h19v03.001.2020241080328.h5"://HDFEOS/GRIDS/NPP_Grid_16Day_VI_500m/Data_Fields/500_m_16_days
5. Создаём корректно привязанный геотиф командой, указывая границы из метаданных и параметры проекции (они известны для этих данных и одинаковы у всех сцен).
gdal_translate -of GTiff -a_ullr <UpperLeft X> <UpperLeft Y> <LeftRight X> <LeftRight Y> -a_srs "+proj=sinu +lon_0=0 +x_0=0 +y_0=0 +a=6371007.181 +b=6371007.181 +units=m +no_defs" <полное имя исходного набора> <имя выходного файла>
В моём примере:
gdal_translate -of GTiff -a_ullr 1111950.519667 6671703.118 2223901.039333 5559752.598333 -a_srs "+proj=sinu +lon_0=0 +x_0=0 +y_0=0 +a=6371007.181 +b=6371007.181 +units=m +no_defs" HDF5:"VNP13A1.A2020225.h19v03.001.2020241080328.h5"://HDFEOS/GRIDS/NPP_Grid_16Day_VI_500m/Data_Fields/500_m_16_days_NDVI output_ndvi.tif
Готово, можно открывать в QGIS и работать.