Доводилось лепить панорамы для научных целей, и вертикальные, и горизонтальные. Вам прежде всего надо "выпрямить" ваши фото, причем отдельными кадрами, именно ДО склейки. Для этого нужны программы типа PTlens, DxO - их немало в сети, ищите по ключам "Lens Distortion". Есть и статьи проф.фотографов на эту тему. Лучше если программа содержит готовые калибровки сочетаний камера+объектив, но это редкость. Если нет, придется подбирать под вашу оптику или подгонять вручную, по тестовым снимкам - это можно сделать самостоятельно, в фотошопе или другом редакторе, где есть разные форм-факторы линз, не только общий.
Программы склейки любительских панорам совершенно не годятся, они, наоборот, норовят "испортить" кадры в угоду бесшовности. Жалкая lens-коррекция по фокусному расстоянию в них тоже скорее лукавство. Получить прямой горизонт, например, мне не удалось ни в одной из них.
Хотелось бы услышать подробнее о том, как эта коррекция линзовидности идет в проф. пакетах или которые на проф. претендуют. После нее склеить тривиальная в общем геом. задача (для плоской местности, разумеется
Другой путь - перейти сразу к фотограмметрии, к векторным построениям и координатам, наплевав на ортофото. Для этого кроме геодезических, есть пакеты фотолепки, типа PhotoModeler, ну и другие аналогичные, популярны в археологии, архитектуре, механике. Какой из них подойдет лучше, сказать не могу, сам только начал тестить. Позволяют измерить расстояния и строить модели по отдельным фотокадрам, в т.ч. снятых в разное время, с разных точек, с разных камер и даже разного качества. Как правило, содержат встроенный модуль калибровки и распознавания оптики, но требуют массу ручной работы и при калибровке, и при оцифровке. Притом что точность негеодезическая все-таки, ориентировано на любительские данные.