Все вышеперечисленные программы хоть и написаны на Java, но используют родные для платформы библиотеки Gdal ,Proj,Geos и т.д через биндинги. При сборке LiveCD я хотел посадить все три программы на одну версию java (64bit), не получилось, при запуске выдавались сообщения об ошибке, что типа биндинги собраны не под ту версию явы и не под ту платформу. В результате пришлось пихать как есть каждую программу со своей версией явы и всеми сопутствующими библиотеками, что неправильно с точки зрения пакетирования и забирает лишнее место на диске.
Правильно было бы собрать биндинги под системную версию явы и использовать уже установленные в системе библиотеки, но для этого нужно уметь собирать эти программы из исходных кодов.
Пока что нашел только только руководства по сборке GvSig и Udig, но там расплывчато описано главное для меня - сборка нативных биндигов.Что касается Kosmo, пока глухо.
Так что если, кто-то может помочь найти инструкцию, а еще лучше протестировать

, буду очень рад.