Дмитрий, спасибо!
да, именно такой логике я и следовала - только в arcinfo
и еще много вариантов (типа combine, docell, con и т.д.)
но что мне остается абсолютно непонятным это результат (см картинку) - почему-то часть ячеек того грида который 1 км так и остается не выбранной - притом любым методом

итак делала я следующим методом:
precip5 - 1км дем
sp1 - 90м слой-маска
1) resample 1 км в 90 м (precip90)
2) isnull = isnull (precip90 * sp1) /* это чтобы получить маску на всю территорию, так как экстент sp1 много меньше, чем precip5. Команда дает на выходе 1 для nodata, 0 - для data
3) cond1 = con (isnull < 1 ,1,0) /* переклассификация, чтобы там где дата - стал 1. где nodata - 0
4) mult = multiple (precip90 * cond1) - дает перемножение precip90 на 0 и 1 маску шагу 3
5) resample (mult, 1 km) - обратно ресамплинг к 1 км