У меня относительно схожие задачи бывают время от времени, да и много у кого.

Построить точки / полилинии / полигоны из координат в Excel...
Если сказать кратко, то программированием это решается суперэффективно, типа кнопочку нажать и всё. На досуге я мог бы Вам сделать такую программку, не забесплатно и за срок от пары недель. Хотя просто и грязно можно сделать быстрее.
Если данных много и они продолжают плодиться каким-то рабочим процессом, имеет смысл заморочиться и написать программку - хоть в .Net, хоть в VBA, хоть в Python. Если данные не плодятся, то можно обработать вручную один раз.
Всё остальное - это гибрид в общем-то ручных операций, магической кнопочки в ArcMap нет.
Если программировать, то: нужен цикл перебора файлов Excel в папке - и если надо, листов в них (sheet). Потом нужно на каждом листе найти т.н. Active Range (кажется, так называется), то есть очерченную прямоугольную таблицу с данными от левой верхней до правой нижней ячейки. Если даже строка с названием столбцов прыгает от файла к файлу, то их (заголовки столбцов) можно найти поиском. Потом использовать уже строки с координатами. И здесь хоть каждую точку программно создавайте и добавляйте в шейпфайл, хоть используйте функцию "отображение событий X Y" из меню, хоть инструменты ArcToolbox
Excel в таблицу и потом
Создать слой событий XY. Запомните, что "слой событий XY" является виртуальным слоем, и чтобы он стал полноценным, его тоже надо экспортировать в шейпфайл. То есть ещё один шаг.
Класс объектов в шейп-файл.
Вот примерно такая логика обработки - что вручную, что программно.
И ... как обычно ... чем структурированней и стандартней данные, тем проще их обрабатывать. Если же столбцы и строки прыгают от файла к файлу, уже нужны дополнительные усилия.
А без программирования хоть что но придётся делать вручную - либо таблицы вместе сливать, либо создавать точки. Если файлов ну там пара десятков и больше их не будет, можно всё обработать вручную. Например, в инструменте "Excel в таблицу" можно задавать файл Excel (и лист в нём). То есть запустить 2-3 инструмента геообработки поочерёдно то количество раз, сколько у Вас файлов, каждый раз подставляя новые параметры (скопируйте в текстовый файл названия всех файлов Excel и вставляйте по строчке из этого файла). Муторно но несложно. Соберите три инструмента в одну модель и запускайте.
А если данных очень много и они будут появляться снова, то имеет смысл заморочиться самодостаточной программой "на будущее".