Форумы GIS-Lab.info

R не компилировал, поскольку имеющаяся у меня версия
R version 2.14.1 (2011-12-22)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
вроде как совпадает с последним релизом. Поэтому почитал RTFM. Вдохновился. Доустановил все, что нужно... Запустил все что нужно... Все ошибки которые мог устранить, устранил. На даный момент результаты такие:
Example 1 считает без ошибок.

Example 2 считает и после:
invisible(text(getSpPPolygonsLabptSlots(plots), labels=as.character(plots$CADASTRE), cex=0.4))
выскакивает: Warning message:
use coordinates method
после:
plots.area <- sapply(plots@polygons, getPolygonAreaSlot)[-5] # polygon 5 shows the size of the whole area and needs to be excluded;
имеем: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
ПОСЛЕ: plots$SCI <- plots$PERIMETER / (2*sqrt( sapply(plots@polygons, getPolygonAreaSlot)/pi)*pi)
Error in `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, name, value = numeric(0)) :
replacement has 0 rows, data has 147
In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
Что это за ошибки?

Example 3 считает, но по ходу предупреждает, что:
Please note: The process for determining duplicated points
has changed from that used in version 0.0-9 (and previously)
При этом рисует все что нужно (по моему).

Example 4.
Начинается все хорошо. потом:
17:00:57: Error: /usr/lib/saga/--version.so: cannot open shared object file: No such file or directory

error: Library could not be loaded [--version]

error: module library not found [--version]

error: module library

error: Library does not contain executable modules [librecreations_games.so]

error: module

library path: /usr/lib/saga
library name: libgrid_gridding
module name : Shapes to Grid
author : O.Conrad (c) 2003

Load shapes: contours.shp...
ready
И так на каждую библиотеку. Наверное, "оно" ищет по всех прописанных путях, пока не находит либы в /usr/lib/saga

И наконец:
SLOPE30.asc has GDAL driver AAIGrid
and has 124 rows and 123 columns
SLOPE40.asc has GDAL driver AAIGrid
and has 94 rows and 92 columns
SLOPE50.asc has GDAL driver AAIGrid
and has 75 rows and 74 columns
SLOPE60.asc has GDAL driver AAIGrid
and has 63 rows and 62 columns
SLOPE80.asc has GDAL driver AAIGrid
and has 47 rows and 47 columns
SLOPE100.asc has GDAL driver AAIGrid
and has 38 rows and 38 columns .
+ рисунок + заремированное заключение, что # Conclusion: with the 45 m resolution DEM, the 20 m slope map contains still more than >95% of variability
Последних 3 рисунка свалило в кучу. Использовал R-Studio 0.95.258 - это из-за него?
А результаты? Так должно быть? Гм, и как дальше поступать?

Спасибо

Вот как работает скрипт у меня (в конце листинга перечень всех полученных объектов), но у меня сделано, чтоб графика не выводилась на экран (закомментированы нужные строки). Внизу приложен этот (рабочий) вариант скрипта.

Спойлер

R version 2.14.1 (2011-12-22)
Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit)

R -- это свободное ПО, и оно поставляется безо всяких гарантий.
Вы вольны распространять его при соблюдении некоторых условий.
Введите 'license()' для получения более подробной информации.

R -- это проект, в котором сотрудничает множество разработчиков.
Введите 'contributors()' для получения дополнительной информации и
'citation()' для ознакомления с правилами упоминания R и его пакетов
в публикациях.

Введите 'demo()' для запуска демонстрационных программ, 'help()' -- для
получения справки, 'help.start()' -- для доступа к справке через браузер.
Введите 'q()', чтобы выйти из R.

> source("pixel-gamm-02.R")
пробую URL 'http://spatial-analyst.net/DATA/plots.zip'
Content type 'application/zip' length 71282 bytes (69 Kb)
открытие URL
==================================================
downloaded 69 Kb

пробую URL 'http://spatial-analyst.net/DATA/contours.zip'
Content type 'application/zip' length 274386 bytes (267 Kb)
открытие URL
==================================================
downloaded 267 Kb

пробую URL 'http://spatial-analyst.net/DATA/elevations.zip'
Content type 'application/zip' length 165060 bytes (161 Kb)
открытие URL
==================================================
downloaded 161 Kb

'data.frame': 100 obs. of 3 variables:
$ ID : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ GPS_Y: int 6535956 6535958 6535955 6535947 6535949 6535946 6535949 6535953 6535950 6535946 ...
$ GPS_X: int 5066566 5066568 5066575 5066579 5066572 5066572 5066588 5066593 5066580 5066579 ...
Загрузка требуемого пакета: foreign
Загрузка требуемого пакета: sp
Загрузка требуемого пакета: lattice
Checking rgeos availability: TRUE
Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots
..@ data :'data.frame': 147 obs. of 1 variable:
.. ..- attr(*, "data_types")= chr "C"
..@ polygons :List of 147
.. ..

• ..@ plotOrder : int [1:147] 5 86 43 121 53 83 24 47 42 68 ...
  ..@ bbox : num [1:2, 1:2] 416900 1887700 417900 1888700
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..@ proj4string:Formal class 'CRS' [package "sp"] with 1 slots
  'data.frame': 551 obs. of 3 variables:
  $ X : int 209250 209417 209583 209750 209917 210083 210250 210583 210750 210917 ...
  $ Y : int 482917 482917 482917 482917 482917 482917 482917 482917 482917 482917 ...
  $ c3: num 0.084 0.287 0.517 0.09 0.923 0.923 0.535 0.979 0.903 0.286 ...
  Загрузка требуемого пакета: mgcv
  This is mgcv 1.7-13. For overview type 'help("mgcv-package")'.
  Загрузка требуемого пакета: deldir
  deldir 0.0-16
  
  Please note: The process for determining duplicated points
  has changed from that used in version 0.0-9 (and previously).
  
  spatstat 1.25-2
  Type ‘help(spatstat)’ for an overview of spatstat
  ‘latest.news()’ for news on latest version
  ‘licence.polygons()’ for licence information on polygon calculations
  Загрузка требуемого пакета: spacetime
  Загрузка требуемого пакета: zoo
  
  Присоединяю пакет: ‘zoo’
  
  The following object(s) are masked from ‘package:base’:
  
  as.Date, as.Date.numeric
  
  Загрузка требуемого пакета: xts
  
  Присоединяю пакет: ‘gstat’
  
  The following object(s) are masked from ‘package:spatstat’:
  
  idw
  
  Formal class 'SpatialLinesDataFrame' [package "sp"] with 4 slots
  ..@ data :'data.frame': 65 obs. of 1 variable:
  .. ..- attr(*, "data_types")= chr "N"
  ..@ lines :List of 65
  ..@ bbox : num [1:2, 1:2] 6551898 5070575 6555545 5074289
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..@ proj4string:Formal class 'CRS' [package "sp"] with 1 slots
  Загрузка требуемого пакета: shapefiles
  
  Присоединяю пакет: ‘shapefiles’
  
  The following object(s) are masked from ‘package:foreign’:
  
  read.dbf, write.dbf
  
  Загрузка требуемого пакета: plyr
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_gridding
  module name : Shapes to Grid
  author : O.Conrad (c) 2003
  
  Load shapes: contours.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Shapes: contours
  Attribute: VALUE
  Method for Multiple Values: last
  Method for Lines: thin
  Preferred Target Grid Type: Floating Point (4 byte)
  Target Grid: user defined
  
  Save grid: contour50_buff.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_tools
  module name : Grid Proximity Buffer
  author : Copyrights (c) 2006 by Volker Wichmann
  
  Load grid: contour50_buff.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 25; 147x 149y; 6551897.5x 5070575y
  Source Grid: contour50_buff
  Distance Grid: Distance Grid
  Allocation Grid: Allocation Grid
  Buffer Grid: Buffer Grid
  Buffer distance: 1224.971655
  Equidistance: 25
  
  Save grid: contours50_dist.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: contours50_alloc.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: contours50_bdist.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: contours50_dist.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 25; 147x 149y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: contours50_dist
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/contours50_dist.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 1
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
  Loaded GDAL runtime: GDAL 1.8.0, released 2011/01/12
  Path to GDAL shared files: /usr/share/gdal/1.8
  Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.7.1, 23 September 2009, [PJ_VERSION: 470]
  Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)
  contours50_dist.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 149 rows and 147 columns
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: contours2.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: contours2
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 30
  
  Save grid: DEM.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: DEM.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 25; 147x 149y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: DEM
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/DEM.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 1
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  DEM.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 149 rows and 147 columns
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: elevations.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: elevations
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 10
  
  Save grid: DEM20.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: elevations.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: elevations
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 10
  
  Save grid: DEM30.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: elevations.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: elevations
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 10
  
  Save grid: DEM40.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: elevations.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: elevations
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 10
  
  Save grid: DEM50.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: elevations.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: elevations
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 10
  
  Save grid: DEM60.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: elevations.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: elevations
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 10
  
  Save grid: DEM80.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libgrid_spline
  module name : Thin Plate Spline (Local)
  author : (c) 2006 by O.Conrad
  
  Load shapes: elevations.shp...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Points: elevations
  Attribute: VALUE
  Target Grid: user defined
  Regularisation: 0.000100
  Search Radius: 1224971.655001
  Search Mode: all directions
  Points Selection: maximum number of points
  Maximum Number of Points: 10
  
  Save grid: DEM100.sgrd...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libta_morphometry
  module name : Slope, Aspect, Curvature
  author : O.Conrad (c) 2001
  
  Load grid: DEM20.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 20; 184x 186y; 6551897.5x 5070575y
  Elevation: DEM20
  Slope: Slope
  Aspect: Aspect
  Curvature: [not set]
  Plan Curvature: [not set]
  Profile Curvature: [not set]
  Method: Fit 2.Degree Polynom (Zevenbergen & Thorne 1987)
  
  Save grid: SLOPE20.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a629ebcf5...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: SLOPE20.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 20; 184x 186y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: SLOPE20
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/SLOPE20.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 3
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libta_morphometry
  module name : Slope, Aspect, Curvature
  author : O.Conrad (c) 2001
  
  Load grid: DEM30.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 30; 123x 124y; 6551897.5x 5070575y
  Elevation: DEM30
  Slope: Slope
  Aspect: Aspect
  Curvature: [not set]
  Plan Curvature: [not set]
  Profile Curvature: [not set]
  Method: Fit 2.Degree Polynom (Zevenbergen & Thorne 1987)
  
  Save grid: SLOPE30.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a2862ac0c...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: SLOPE30.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 30; 123x 124y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: SLOPE30
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/SLOPE30.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 3
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libta_morphometry
  module name : Slope, Aspect, Curvature
  author : O.Conrad (c) 2001
  
  Load grid: DEM40.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 40; 92x 94y; 6551897.5x 5070575y
  Elevation: DEM40
  Slope: Slope
  Aspect: Aspect
  Curvature: [not set]
  Plan Curvature: [not set]
  Profile Curvature: [not set]
  Method: Fit 2.Degree Polynom (Zevenbergen & Thorne 1987)
  
  Save grid: SLOPE40.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a388388d0...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: SLOPE40.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 40; 92x 94y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: SLOPE40
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/SLOPE40.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 3
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libta_morphometry
  module name : Slope, Aspect, Curvature
  author : O.Conrad (c) 2001
  
  Load grid: DEM50.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 50; 74x 75y; 6551897.5x 5070575y
  Elevation: DEM50
  Slope: Slope
  Aspect: Aspect
  Curvature: [not set]
  Plan Curvature: [not set]
  Profile Curvature: [not set]
  Method: Fit 2.Degree Polynom (Zevenbergen & Thorne 1987)
  
  Save grid: SLOPE50.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a4b7a5376...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: SLOPE50.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 50; 74x 75y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: SLOPE50
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/SLOPE50.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 3
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libta_morphometry
  module name : Slope, Aspect, Curvature
  author : O.Conrad (c) 2001
  
  Load grid: DEM60.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 60; 62x 63y; 6551897.5x 5070575y
  Elevation: DEM60
  Slope: Slope
  Aspect: Aspect
  Curvature: [not set]
  Plan Curvature: [not set]
  Profile Curvature: [not set]
  Method: Fit 2.Degree Polynom (Zevenbergen & Thorne 1987)
  
  Save grid: SLOPE60.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a7ec8657b...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: SLOPE60.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 60; 62x 63y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: SLOPE60
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/SLOPE60.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 3
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libta_morphometry
  module name : Slope, Aspect, Curvature
  author : O.Conrad (c) 2001
  
  Load grid: DEM80.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 80; 47x 47y; 6551897.5x 5070575y
  Elevation: DEM80
  Slope: Slope
  Aspect: Aspect
  Curvature: [not set]
  Plan Curvature: [not set]
  Profile Curvature: [not set]
  Method: Fit 2.Degree Polynom (Zevenbergen & Thorne 1987)
  
  Save grid: SLOPE80.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a5686afec...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: SLOPE80.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 80; 47x 47y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: SLOPE80
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/SLOPE80.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 3
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libta_morphometry
  module name : Slope, Aspect, Curvature
  author : O.Conrad (c) 2001
  
  Load grid: DEM100.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 100; 38x 38y; 6551897.5x 5070575y
  Elevation: DEM100
  Slope: Slope
  Aspect: Aspect
  Curvature: [not set]
  Plan Curvature: [not set]
  Profile Curvature: [not set]
  Method: Fit 2.Degree Polynom (Zevenbergen & Thorne 1987)
  
  Save grid: SLOPE100.sgrd...
  ready
  
  
  Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a393771e8...
  ready
  
  
  error: module
  
  library path: /usr/lib/saga
  library name: libio_grid
  module name : Export ESRI Arc/Info Grid
  author : O.Conrad (c) 2007
  
  Load grid: SLOPE100.sgrd...
  ready
  
  
  
  
  
  Parameters
  
  
  
  
  Grid system: 100; 38x 38y; 6551897.5x 5070575y
  Grid: SLOPE100
  File: /home/user/bin/Pixel_size/test_gamm/SLOPE100.asc
  Format: ASCII
  Geo-Reference: corner
  ASCII Precision: 3
  ASCII Decimal Separator: point (.)
  
  SLOPE20.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 186 rows and 184 columns
  SLOPE30.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 124 rows and 123 columns
  SLOPE40.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 94 rows and 92 columns
  SLOPE50.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 75 rows and 74 columns
  SLOPE60.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 63 rows and 62 columns
  SLOPE80.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 47 rows and 47 columns
  SLOPE100.asc has GDAL driver AAIGrid
  and has 38 rows and 38 columns
  > ls()
  [1] "bin.VALUE" "contours.5" "contours.50"
  [4] "contours50.dist" "contours50.pixsize1" "contours50.pixsize2"
  [7] "cor.SLOPE" "dem" "dem.area"
  [10] "dem.pixelsize" "dist.box" "dist.sel"
  [13] "dist.wesepe" "elevations" "elevations.interp"
  [16] "GPS100" "GPS.pixsize1" "GPS.pixsize2"
  [19] "GPS.pixsize3" "i" "map.list"
  [22] "m.pairs" "my.area" "my.perim"
  [25] "pixel.range" "plots" "plots.area"
  [28] "plots.area2" "plots.pixsize1" "plots.pixsize2"
  [31] "plots.pixsize3" "p.sel" "rsaga.get.version"
  [34] "sel" "SLOPE" "SLOPE100"
  [37] "SLOPE30" "SLOPE40" "SLOPE50"
  [40] "SLOPE60" "SLOPE80" "slope.ov"
  [43] "SLOPE.s" "tc3.var" "tc3.vgm"
  [46] "URL" "wesepe.area" "wesepe.c"
  [49] "wesepe.dens" "wesepe.pixsize0" "wesepe.pixsize1"
  [52] "wesepe.pixsize2" "wesepe.pixsize3" "wesepe.pixsize4"
  [55] "wesepe.pixsize5" "wesepe.ppp" "zip"

Всякие "Warning message:" можно смело игнорировать, а вот с ошибками будем разбираться..

eucrariano, кстати, переменная SAGA_MLB (путь к библиотекам SAGA) задана в $HOME/.bashrc ? У меня так: Скрипт: С R-Studio, опять же, дела не имел..

Спасибо за оперативность.
возьмем "одинаковую" часть вывода МОЕГО:
Save grid: SLOPE100.sgrd...
ready
Save grid: /tmp/Rtmpvtp9cZ/file161f6a26911e...
ready
17:05:44: Error: /usr/lib/saga/--version.so: cannot open shared object file: No such file or directory
error: Library could not be loaded [--version]
error: module library not found [--version]
error: module library
error: Library does not contain executable modules [librecreations_games.so]
error: module
library path: /usr/lib/saga
library name: libio_grid
module name : Export ESRI Arc/Info Grid
author : O.Conrad (c) 2007
Load grid: SLOPE100.sgrd...
ready

и ТВОЕГО:
Save grid: SLOPE100.sgrd...
ready
Save grid: /tmp/Rtmp4lY27A/file110a393771e8...
ready
error: module
library path: /usr/lib/saga
library name: libio_grid
module name : Export ESRI Arc/Info Grid
author : O.Conrad (c) 2007
Load grid: SLOPE100.sgrd...
ready

Как видим, у меня на 5 ошибок больше. Не претендуя на глубину анализа ошибок, замечу, что, по-видимому, это вызвано поиском либов по путям прописанным в rsaga.env (они там указаны на все случаи жизни и под Виндоус и под Юникс). В конце-концов R находит их в /usr/lib/saga/ (хотя у тебя этот путь явно прописан в $HOME/.bashrc.

Запустил вариант скрипта без вывода графики. Ошибки все те же.

У меня в $HOME/ отсутстует .bashrc, а вот в /home/eucrariano/.bashrc присутствует. Он весь напичкан исполняемым кодом, куда посоветуешь "впихнуть" export SAGA_MLB=/usr/lib/saga/ ?

eucrariano писал(а): У меня в $HOME/ отсутстует .bashrc, а вот в /home/eucrariano/.bashrc присутствует. Он весь напичкан исполняемым кодом, куда посоветуешь "впихнуть" export SAGA_MLB=/usr/lib/saga/ ?

Переменная HOME -- это в твоём случае и есть "/home/eucrariano/", т.е. полный путь к домашнему каталогу пользователя.

Впихнуть можно куда угодно, но лучше в конец (чтоб не забыть, где прописано, если надо будет изменить).

с SAGA такая история: разработчики поменяли параметры от версии к версии, для моей я угадывал по смыслу. То, что я правил, рассчитано на Windows версию Version: 2.0.8, 64 bit. Более того, то, что нужно от модуля, передается по номеру, и эти номера тоже разные между версиями (иногда), а от них зависит набор и формат параметров. Я, при угадывании параметров, использовал собственный опыт написания подобных программ.

Если выдается ошибка только на некоторые модули, и хоть один срабатывает, то с путями все нормально, и нужно разбираться с параметрами, запустив соответствующий модуль и почитав его help.

Кстати, лучше всякими "нахлобучками" на R не пользоваться, чтобы избежать ненужных проблем, он по жизни пакетный.

В общем, вывод пока такой: скрипт носит экспериментальный исследовательский характер Поэтому нуждается в правке перед запуском с учётом локальной версии SAGA и т.д., и т.п.
По-хорошему, его бы "завернуть" в какую-нибудь оболочку с доведением до конечного пользователя. Я хочу попробовать написать модуль для GRASS (шелл-скрипт) с исп-ем этого R-скрипта, там можно будет обойтись без SAGA и упростить импорт/экспорт (spgrass6).

впихнул export SAGA_MLB=/usr/lib/saga/ в конец .bashrc, и даже перезагрузился.
В процессе исполнения скрипта, вылазят те-же ошибки.
Придется тщательней почитать хэлпы, согласно совету gamma, поэксперементировать с параметрами.
Перевод "стрелок" на грасс

amuriy писал(а): с исп-ем этого R-скрипта, где можно будет обойтись без SAGA и упростить импорт/экспорт (spgrass6)

- хорошая идея. Попробую помочь если не по сути, так хотя-бы тестированием

Может не совсем по теме, но вот свежая статья в журнале АТиП №1 за 2012 год.

Построения цифровой модели рельефа по данным радарной интерферометрической съемки.

Как то рисунки неудачно смотрятся, прикрепил в аттаче pdf, и вложений всего 3 можно

eucrariano писал(а):Точность снятия данных (если это пункты геодезической сети) - 0,1 мм. Принимаем, что вся информация снята с той же точностью.

"0.1 мм" (0.2 мм) - это нормативная точность вычерчивания топографических планов и карт. Допустимая погрешность нанесения на карту в плане. Не по высоте. Т.е. выдали картографу исходные данные (составленные съемщиками планы, карты, архивные карты и пр.), и результат вычерчивания не может отклоняться от этих данных больше, чем на 0.2 мм в плане.
0.5 мм - "на круг" средняя допустимая погрешность отображения объектов с четкими очертаниями (строения, ограждения, береговые линии и пр.) на топографических планах в плане - в горизонтальной плоскости. Т.е. "точность снятия данных" с погрешностью даже 0.1 мм (на плане, карте) все равно 0.5 мм (в масштабе на местности). Не лучше. А "в среднем по больнице" хуже в 1.2-1.5 раза. Но это только плановая точность.
Точность "на круг" по высоте, как написал BES59 "на топокарте зависит от высоты сечения горизонталей и погрешность не должна превышать 1/3 сечения". Т.е. нормативно при определении высоты в любой точке плана, карты, ее отличие от реальной не может быть больше этой 1/3. А сечения рельефа могут различаться даже на одном листе, на смежных листах в 2-5 раз - сечение выбирается в зависимости от типов рельефа, от преобладающих углов наклона.
Кроме того, это означает, что горизонтали могут быть отображены со смещением в 1/3 от их "истинного" положения.
Рельеф при этом на планах и картах отображается не только горизонталями и отметками высот, но и объектами (структурными линиями): обрывами, откосами, оврагами, буграми, ямами, канавами и пр. А также и гидрографическими объектами.
На которые, естественно, распространяется и точность в плане - 0.5 мм в масштабе.
Кстати, это "средние погрешности". Средние квадратические погрешности = 1.4 от этих средних погрешностей.

Продолжаю - дабы попытаться довести до чего-то похожего на общее описание ситуации...
За базовый документ в вольном изложении в предыдущем посте была взята Инструкция по топографической съемке в масштабах 1:5000, 1:2000, 1:1000 и 1:500". ГКИНП-02033-82. М., Недра. 1982.
В нормативах на создание планов и карт и всех остальных масштабов написано фактически то же. Например, из ОСНОВНЫЕ ПОЛОЖЕНИЯ ПО СОДЕРЖАНИЮ ТОПОГРАФИЧЕСКИХ КАРТ МАСШТАБОВ 1:25000, 1:50000, 1:100000, 1:200000, 1:500000, 1:1000000:

На топографических картах масштабов 1:25000, 1:50000 и 1:100000 средние ошибки в плановом положении твердых контуров (населенных пунктов, отдельных строений, дорог, постоянной береговой линии и т.п.) относительно ближайших опорных пунктов и линий прямоугольной сетки не должны превышать 0,5 мм, а на картах горных, высокогорных и пустынных районов - 0,75 мм. Средние ошибки в плановом положении контуров растительного покрова и грунтов для всех районов не должны превышать 1 мм.

Последняя фраза особенно ценна тем, что Инструкция для крупных масштабов не определяет допустимые ошибки контуров объектов с нечеткими очертаниями. А большинство объектов и форм рельефа четких очертаний не имеет.
Те же 0.5 мм в масштабе плана-карты являются "на круг" минимальными размерами для отображаемых деталей объектов местности, детализации вычерчивания тех же горизонталей (читай - форм рельефа).
Т.о., точности планов-карт в мм в масштабе в горизонтальной плоскости:
Средняя допустимая ошибка контуров с четкими очертаниями_________0.5 мм * 1.4 = 0.7 мм (СКО)
Средняя допустимая ошибка контуров в горной, залесенной местности__0.7 мм * 1.4 = 0.98 мм (СКО)
Для мелких масштабов -#- ________________________________________0.75 мм* 1.4 =1.05 мм (СКО)
Средняя допустимая ошибка контуров с нечеткими очертаниями _______1.0 мм * 1.4 = 1.4 мм (СКО)

Попытаюсь ответить на исходные вопросы (хотя я не силен в математике).
Чтобы регулярная ЦМР (растровое представление рельефа) полностью соответствовала основным критериям к данным, т.е. точности, полноте и достоверности, необходимо и достаточно, чтобы ее шаг ("разрешение") был 0.5 мм в указанном масштабе плана-карты.
При такой плотности точек рельефа точность передачи любых форм рельефа и рельефа с любыми уклонами будет соответствовать нормативной точности передачи высот для планов-карт соответствующих масштабов.

Для традиционных "векторных" ЦМР, для их отображения в виде трехмерных точек и для их пользователей (многих и многих проектировщиков, допустим) такая плотность точек дико избыточна и совершенно неподъемна для отображения и работы. Больший же шаг ЦМР неизбежно приводит к потерям точности, достоверности и полноты. Может быть поэтому норматива для расчета шага ЦМР так и не создали?