Страница 3 из 6
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 04 дек 2016, 21:07
nickleb
Выложите, Nstalia, лучше, пожалуйста, уже Вами скачанный. Так и народу будет удобнее, кто тему просматривает и пожелает Вам помочь.
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 04 дек 2016, 22:11
Natalia Novoselova
nickleb писал(а):Выложите, Nstalia, лучше, пожалуйста, уже Вами скачанный. Так и народу будет удобнее, кто тему просматривает и пожелает Вам помочь.
Выложила файл на свой гугл диск (170.5 мб)
https://drive.google.com/file/d/0B6TJ2V ... sp=sharing
Скачивается?
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 04 дек 2016, 22:16
nickleb
Да, Natalia!
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 00:58
nickleb
Natalia, вот в R через package ncdf4:
Код: Выделить всё
rm(list=ls())
library(ncdf4)
#fnc - netcdf file name ...
fnc <- "2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc"
#nc - open file...
if (file.exists(fnc)) {
nc <- nc_open(fnc)
#Look structure ...
print(nc)
#Lon - longitide
Lon <- ncvar_get(nc, "longitude")
#print head seven rows Lon ...
head(Lon, 7)
#print tail seven rows Lon ...
tail(Lon, 7)
#Lat - latitude ...
Lat <- ncvar_get(nc, "latitude")
#print head seven rows Lat ...
head(Lat, 7)
#print tail seven rows Lat ...
tail(Lat, 7)
FAB <- ncvar_get(nc,"Forest_Aboveground_Biomass_v3")
#....
}
Но ошибка - маловато памяти:
Error: cannot allocate vector of size 3.8 Gb
Пока только этого с ходу добился в чтиве Вашего файла...
До этого пробовал в QGIS 2.18 - зависал. Пробовал также в OceanDataView - зависал также на 25 % импорта...
У меня памяти всего 4... Windows 10... В R - хоть это стало ясно - память...
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 02:05
nickleb
... в R можно вот так в привычный geotiff попробовать через package raster:
Код: Выделить всё
library(raster)
print(getwd())
fnc <- "2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc"
rstr<-raster(fnc)
rstr
writeRaster(rstr, "2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3",
format="GTiff", overwrite=TRUE)
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 02:42
Natalia Novoselova
nickleb писал(а):
Но ошибка - маловато памяти:
Error: cannot allocate vector of size 3.8 Gb
Пока только этого с ходу добился в чтиве Вашего файла...
До этого пробовал в QGIS 2.18 - зависал. Пробовал также в OceanDataView - зависал также на 25 % импорта...
У меня памяти всего 4... Windows 10... В R - хоть это стало ясно - память...
Это он так возрастает при открытии его как вектор? С 170 мб до 3.8 гб.
Да, может быть через растр geotiff его тогда правильней открыть?
Сейчас бы хоть как его открыть, чтобы понять, как это вообще будет.
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 04:55
Denis Rykov
Наталья, вы издеваетесь? Сообщения об ошибках читать умеете? Вот вам пишет GDAL:
Код: Выделить всё
ERROR 4: '\netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3' does not exist in the file system
Очевидно же, что у вас имя файла начинается не с '\'. Вы тупо скопипастили (и то неправильно) команду, которую вам дали и даже не удосужились вникнуть. Если что, то в
Bash символом '\' разделяются строки одной команды, если требуется перенос на другую строку. У вас такая ситуация? Нет. Так какого-же спрашивается вы лепите ненужные символы в команду, а потом удивляетесь тому, что ничего не работает. Если написать команду правильно, то всё конвертируется без проблем:
Код: Выделить всё
$ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif
Creating output file that is 360P x 140L.
Processing input file netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3.
Using internal nodata values (e.g. -3.4e+38) for image netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3.
Copying nodata values from source netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3 to destination output.tif.
0...10...20...30...40...50...60...70...80...90...100 - done.
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 06:09
Natalia Novoselova
Denis Rykov писал(а): Если написать команду правильно, то всё конвертируется без проблем:
Хорошо, что у вас получилось. Это подает надежду, что можно разобраться.
А у меня не получилось написать команду правильно. Перебрала все пришедшие на ум комбинации.
Если вы дадите ваш вариант команды мне это поможет разобраться.
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 06:09
Denis Rykov
... глаза выше поднимите. Я не знаю как с вами разговаривать. Вот же она команда, вот, написана. Не заметили? Ещё раз для тех, кто в танке:
Код: Выделить всё
$ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 06:16
Natalia Novoselova
Denis Rykov писал(а):... глаза выше поднимите. Я не знаю как с вами разговаривать. Вот же она команда, вот, написана. Не заметили? Ещё раз для тех, кто в танке:
Код: Выделить всё
$ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif
С этого и начала. Все комбинации - 2 первые строчки (что похоже на код Болотоведа), всё сразу..
Может, у меня что-то не доставлено? Он у меня и первый знак в вашем коде $ не понимает.
Скорее всего, я все-таки что-то не то делаю. ((
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 06:18
Denis Rykov
$ не нужно вводить, это признак того, что следующая команда вводится в консоли. И это у меня не две строчки, а одна. И ещё - если вы не хотите вводить полный путь до файла, то перейдите в директорию с файлом - это, надеюсь, очевидно?
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 06:33
Natalia Novoselova
Denis Rykov писал(а):$ не нужно вводить, это признак того, что следующая команда вводится в консоли. И это у меня не две строчки, а одна.
Ну output.tif правда сделалася.
Но при этом не было выдано того текста, что идет ниже первой строчки, которую я вводила в консоль (
$ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif)
И он весит 200 кб. И явно ничего не отображает в смысле значений переменных.
А у вас какого он размера?
Думаю, все же что-то делаю не так. Принтскрин прилагаю.
Еще попробую комбинации.
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 06:47
Denis Rykov
Да, 200Кб, потому что я специально уменьшил размер выходного файла (-ts 360 140 ), если нужно больше, то можете не использовать этот ключ. Вы открывали получившийся файл? Вот у меня в QGIS все прекрасно открывается и идентифицируется. Но у вас какие-то ошибки, видимо, используются старые версии библиотек. Проверьте версию библиотеки NetCDF, должна
быть 4. Получившийся файл приложил.
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 07:06
Natalia Novoselova
Denis Rykov писал(а):Да, 200Кб, потому что я специально уменьшил размер выходного файла (-ts 360 140 ), если нужно больше, то можете не использовать этот ключ. Вы открывали получившийся файл? Вот у меня в QGIS все прекрасно открывается и идентифицируется. Но у вас какие-то ошибки, видимо, используются старые версии библиотек.
Нет, не открывается как у вас.
Видимо, дело в ошибках.. Вряд ли старые библиотеки, я же только сегодня все устанавливала. Вероятно, при установке что-то не так пошло. Хотя сообщений не было… странно..
Попробую разобраться или переделать.
Ну хоть общий ход стал понятен. Относительно открытия файла .nc растром.
Может быть, есть какой-то мануал по введению в GDAL, который вы всем рекомендуете. Чтобы можно было попробовать поразбираться в коде по этим примерам. Если есть, то и мне можно его порекомендовать. )
Так, конечно, много всего в сети есть.
Re: Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc
Добавлено: 05 дек 2016, 08:37
Denis Rykov
В OSGeo4W GDAL как-то неправильно собран, есть похожий тикет, приложил туда информацию о вашей проблеме, у меня тоже воспроизводится
#293.