Владислав, Вы всё правильно думаете о поведении распространённых ГИС в отношении координатных осей. В данном случае проблема в геопривязке.
Родная СК растра всё же не "МСК-70 зона 4", а "Местная СК г. Томск". Там и было что-то напутано. Если перепутаны местами X и Y, то должно быть так:

- Снимок2.png (15.82 КБ) 4346 просмотров
Внешне вид координат в МСК-70 не изменится:

- Снимок3.png (16.35 КБ) 4312 просмотров
Впрочем, может быть и просто ошибочное присвоение координат отдельным углам. Так, если координаты точки 2 заменить на (10000, 5000), карта станет нормальной, не зеркальной.
Пара замечаний.
MapInfo не трансформирует изображения, это делается в других программах. Данный растр трансформирован не в "МСК-70 зона 4", а в проекции "Местная СК г. Томск", которую настоятельно рекомендуется использовать при его регистрации в MapInfo и обязательно в других ГИС. "Местная СК г. Томск" может быть представлена в традиционной форме:
Код: Выделить всё
"Местная СК г. Томск", 8, 1001, 7, 85, 0, 1.00001906, 8743.2066423424, -6252799.10307940862
В таком виде её легко трансформировать в строку PROJ и использовать в QGIS.
Изображение в формате JPEG тяжеловато. Видно, что оно сделано из двухцветного чёрно-белого, который в формате PNG раз в шесть легче.