Я позволю себе подвести итог всех обсуждений, что бы не осталось недосказанности, вы переспросите, а коллеги меня дополнят/поправят:
1. На мой поверхностный взгляд, как НЕспециалиста в морской/речной навигации, знающего только общие принципы определения координат, и НЕгеодезиста, - это профанация. Основные морские/навигационные карты имеют такой масштаб, что погрешности пересчета на них, за исключением совершенно диких случаев установки неверных параметров пересчета, будут - ничтожны. В тех местах, где карты настолько подробны, что это будет иметь смысл - это
преступление.
2. Выполнить требование о пересчете в СК-42/95 вам следует (мысли Заказчика неисповедимы

):
а) либо запросив у заказчика дополнительные данные о параметрах пересчета, и это отдельная работа,
б) либо выполнив их по ГОСТ-2013(по моему) или 2008 (вроде как они тождественны), и уведомив заказчика, что эти две координаты являются оценочными.
в любом случае свою ж.. надо прикрыть.
3. Пересчет в остальные системы координат является декларативным, требует от вас указать соответствующий ГОСТ, но точность измерения GPS (WGS) <-> ГЛОНАСС (ПЗ90.11) - для работ на акватории неуловима. В общем случае она должна находиться в пределах двух-трех метров. Даже в самой непроглядной воде это погрешность меньше, чем погрешность в спуске водолаза. Ну, если только он живой и его не выбрасывают с большой высоты с грузом в несколько тон.
4. И еще раз для завершения - GPS (WGS) <-> ГЛОНАСС (ПЗ90.11/02/) имеют схожие характеристики, пересчет между ними должен давать схожие координаты. Для полноты картины стоит построить сетку в 1 градус по всей поверхности Земли в WGS84 и пересчитать ее через PROJ4 в ПЗ90.11, результат приложить к работе. Я полагаю, что разница будет незначительной.
5. Если финансы позволяют, то лучше для каждых 6х6 градусов заказать пересчет GPS (WGS) <-> ГЛОНАСС (ПЗ90.11) в специализированной организации. С бланком, лицензией и печатью.
6. Не надо искать разночтений в разных программах. Они могут быть за счет округления и различия в реализации алгоритмов, но совершенно не того порядка, что ошибки или вернее разночтения в параметрах перехода от локально эллипсоида к эллипсоиду WGS84. Выберите себе одну программу и настройте ее на текущий ГОСТ / локальные параметры (если будете их иметь). Есть профессиональные программы для расчета, но судя по тому, что заказчик готов использовать и бытовые навигаторы - они ему и вам не по карману.
7. Может поможет,
ftp://ftp.sovzond.ru/forum/2016/15_apri ... arpova.pdf, я не понял что они делали - что во что перевычисляли, но картинки и цифры достойны изучения:
Экспериментальная оценка погрешности расчета длин базисных линий и определения координат геодезических пунктов с использованием специального программного математического обеспечения различных производителей.
Голуб Д. А., Докладчик - Карпова А. А.