Гнездовой участок в Spatial analyst

[warbler]

Инга, да не за что! сentral place forager - это если тварь например за едой летает более менее равномерно вокруг гнезда, и все время в него возвращается. При таком раскладе кернел удобно применять, максимальная плотность точек и центр контура покажет область где она гнездится с большой вероятностью.
Журавлями не занимался, но если бы на Вашем месте был, делал бы также, думаю правильно. Но важно выбрать удачный вариант оценки участка обитания. А данные у Вас чисто аргосовские локации, или GPS координаты ?

[Инга Бысыкатова]

Аа, понятно )), спасибо ). А какими видами вы занимаетесь? У меня чисто аргосовские локации. Подскажите пожалуйста, про важность выбора удачного варианта оценки участка обитания, и какие оценки есть?. Я думала что после того как очерчу Home range, сделаю clip home range с картами уже выделенных на основе космосника ландшафтами и на основе топокарты высотами, и посмотрю по процентам - например в 90% хоум ранже входит такой то процент открытой водной поверхности, сухих и увлажненных биотопов итд, сколько то процентов определенных высот над уровнем моря, в 75% столько-то, в 50% (ядро хоум ранже) столько- то процентов. Видимо такой метод сильно прост. Я просто не знаю других способов.

[warbler]

Инга, да вот моя стораница: pktitorov.scipeople.com
Миграцией воробьиных я занимаюсь. Мы только с высокчастотной телеметрией работали, и сложных способов анализа участка у нас не применить, поскольку его размер соспоттавим с ошибкой локации...
Вы правильно мыслите, можно сделать Resource use vs availability, посчить предпочтения местообитаний. Для этого, вы выделдяете зону где живут журавли (границы краинних участков обитания можно использовать для ограничения этой зоны, или по другим принципам приянть волевое решение). Считаете, сколько каких местообитаний в этом пространстве. Потом, скорлько каких местообитаний у участках обитания журавлей. Дальше есть варианты как считать, но самый популярный вариант - композиционный анализ Абишера. Вот ссылка на его разширение джля стат программы R: http://pbil.univ-lyon1.fr/library/adeha ... mpana.html
Но если с R не работали, то так сходу не освоить (хотя повод научтьс ). Есть скрипт для Экселя, если нужно, попрошу товарища чтобы прислал, у себя его не нашел. И почитать теорию стоит по выбору местообитаний, а именно по методам, хотябы Абишера и Джонсона. Если очень заинтересует, есть книжки Манли Resource selection functions, но там очень много вариантов методов.
Сейчас есть более современные методы, но я их не понимаю, может sim лучше объяснит, например про сташное слово state space models

[Инга Бысыкатова]

Спасибо большое Павел! , я открыла вашу страничку, но там вас нет, в смысле там открывается главная страница,. Я просматриваю ваши ссылки, хотела задать вам вопрос, в ссылке есть упоминания на какие то колонки с данными для анализа. Я не понимаю, ну что поделать, я самый что ни на есть натуральный чайник )), что это за колонки? для чего они? Статью Абишера по местообитаниям нашла, про применение разных методов. Это где можно сделать? В специализированных стат. программах? Или на аркмапе тоже возможно? Или надо на ексель? Плиз, если можно, отправьте скрипт на ексель на емайл ipbysykatova@gmail.com, буду очень признательна )).

[warbler]

Инга, прошу прещения что исчезал, я на почту пришлю в начале недели. По сслыке - колонки для матрицы данных.
Стандратный композиционный анализ, как в его примере с фазанами, ожео в R , можно в экселе, возможно еще появились варианты софта, не отслеживал давно. Скрипт для Экселя в начале недели пошлю, мне самому надо его запросить, а то здесь на ноуте его не оказалось.

[Инга Бысыкатова]

Да ничего, я очень рада тому что вы мне помогаете нужными советами . Оказывается, я нашла другую статью Абишера, не с фазанами. С фазанами погуглила, но нету статьи в интернете, если есть у тебя, плиз, отправишь вместе с скриптом? Thank you very much!!!

[warbler]

Инга, сейчас отправлю скрипт с прибамбасами, статью надо снова выковыривать, тоже нет ее на ноуте.
Обрати внимание еще, что в QGIS, кторая шейпы вполне читает, появился плагин для разных методов рассчета хоум ренджа, в том числе отностильной новый: http://www.cnr.berkeley.edu/~getz/Repri ... _SF_04.pdf

Метод по описанию в статье, в отличии от MCP не забирает лишних контуров, в отличии от кернела, не пытается показать что грубо говоря корова активнее всего пасется на озере в центре своего хоум ренджа. Поскольку у тебя журавли - птицы толстые, с большими участками, на этих участках наверняка есть озера и лесные колки, которые журавли не любят, я так понимаю, этот Nearest neighbore convex hull хорошо отделит зерна от плевел Сам еще не пользовал, хотя возможно, он и наши застарелые проблемы телеметрические решит, с отделением поискового трека птицы от ее конечного участка обитания...

[Инга Бысыкатова]

Ок, спасибо Павел!
А где можно скачать Nearest neighbore convex hull? Он отличается от просто convex hull?
Журавли совсем не толстые, они изящные )), мои виды тундровые, обитают на территории совершенно без леса, даже без высоких кустарников. Оба вида водно-болотные, поэтому тяготеют к болотам, озерам, стерх более акватичный вид, канадец не очень, но все равно местообитания находятся в тундроболотах с многочисленнными арктическими озерами.
Вчера сделала попытку анализа Fixed Kernel, с использованием Animal movements beta 1.3, где вычисляла разные h, которые потом использовала в Hawth tool для HR. Правда, в статье Брайана Митчелла (www.wildlife.org/wg/gis/newsletter/jun06/hrcompar.htm) где он сравнивает программы для Fixed Kernel HR, Hawth tool не вычисляет LSCV h. Поэтому я не знаю, насколько правильны мои вчерашние вычисления, я брала циферки h для LSCV полученные в анимал мувмент, и использовала их Hawth tool, правда, размер ячейки М я меняла в случае LSCV Kernel HR, до 100 (хотя особо не понимаю для чего этот размер ячейки, а в остальных случаях (h-ref например, ставила 10-ку, как говорилось в инструкции по использованию анимал мувмент с хаф тул).

[Инга Бысыкатова]

Скачала пакет R по ссылке указанной на сайте, в общем поняла что инструмент LOCOn это и есть инструмент для вычисления NNCh, установила на аркмапе, но он почему то нормально не работает. А R я не смогла установить, так как вообще не поняла как он устанавливается, читала миллион раз инструкцию, вообще не понятно (((

[warbler]

Ну вот, значит может быть много пользы от Nearest neighbore convex hull, он не просто контуры внешние охватывает, а оставляет пустыми неиспользуемые дырки (в товем случае - поверхности озер на гнездовлом участке). НО я его сам еще не пользовал, просто по описанию преимуществ метода должно быть так. Хафтулом вообще не пользовался...
Я видел инет -обзор сравнгеие разного софта, где ругали кернелы из энимал мувемент, подробностей не помню.

[warbler]

Так, сейчас по R. R очень юзер не френдли, с непривычуки можно напугаться. Так что не бойся, просто тнужно будет поучится немного скриптами работать. http://cran.gis-lab.info - российский репозиторий, на гис. лабе. Можешь выбрать другой если понравится. Нужные тебе пакеты нужно будет потом также отдельно загружать, выбирая репозиторий сначала. Сразу скачай и ТinnR - редактор скриптов R. Примеры и руководства чтобы потренироваться:
http://www.biw.kuleuven.be/vakken/stati ... /index.htm, я по этому сайту основам учился, появился недавно русский блог по мед. статистике: http://delicious.com/Voliadis/R.

[Инга Бысыкатова]

Ок, спасибо большое за ссылки, очень как раз. Но я никак не могу найти ярлычок или значок екзешный для установки R, скачала зипованную папку R-2.11.0, в ней нет ничего похожего. Может я не то скачала?

[Инга Бысыкатова]

Нашла установочную программу R, оказывается в той папке его и нет, отдельно нужно скачивать.

[Инга Бысыкатова]

Варблер, Сим, привет!
Пожалуйста, подскажите как мне загрузить скрипт, ссылка http://locoh.cnr.berkeley.edu/rtutorial

В ссылке написано что нужно загрузить два скрипта, я открываю, там выходят тексты. Что мне с ними делать дальше? Я не знаю в каком виде его нужно загружать, тк вообще не понимаю что дальше делать. Их видимо нужно скопировать и сохранить в документе? Или нужны какие то другие манипуляции, плиз хелп ми

1. We're almost done. There is just one more thing: the LoCoH (k-NNCH) script itself. The adehabitat package contains a version of the R script, but it is often out of date. To make sure you have the most recent version, you should download it here:
Download LoCoH R Script

You can then load the script into R with the following command (assuming the path to the script is 'C:/NNCH.R'):

2.LoCoH includes a simple graphical user interface that is useful for exploring the capabilities of LoCoH. Some people might also prefer it to the command line method of using LoCoH. You will need to download the locoh_gui.R script and load it.

Download LoCoH R GUI

After you have made sure to load the NNCH source file as outlined above, you can invoke LoCoH trivially with the following commands:

[Инга Бысыкатова]

пытаюсь через макрос майкрософт вижуал бэйсик установить, говорит что инвалид характер, ошибка синтакса.