1. Спасибо всем, кого тронула сия проблема.
2. Отключил ВСЕ дополнительные модули. Не помогает

3. Почистил полигоны, были кое-где "хвосты" и отдельные "острова". Убрал, думаю, всё. Но проблема не в этом.
4. Выяснилось вот что. Отказался от штриховки. Теперь пробую работать только со сплошной заливкой. Количество полигонов всё тоже - 1024. Произошло следующее. (Замечено на последних по времени создания полигонах, завтра попробую на "ранних").
Делаю заливку соседних полигонов по RGB, цвета заливки изменяются незначительно, в одной гамме, разной насыщенности. На мониторе вполне различимо, на лазерном принтере, имхо, разницы заметно не будет. (Кстати, еще одно направление работ - дрова принтеров)...
Дело дошло до того, что такая гамма тоже НЕ СОХРАНЯЕТСЯ. То есть, дает возможность изменить цвет заливки ну прям ювелирно, но ПОСЛЕ сохранения таблицы цвета опять меняются. Причём, это изменение ВСЕГДА приводит к одной цветовой гамме (в сеансе работы). Если "плавную" гамму не сохранять, и цвет установить по таблице цветов (не по значениям RGB), без такой "плавности" оттенков, то заданные мною цвета сохраняются. Такое впечатление, что MI сама за меня решает "проблему цветов карты" (т.е. устанавливает цвета соседних полигонов контрастными).
"... до чего дошёл прогресс..." Завтра поэкспериментируем на аналогичной машине, на версии MI 10.0, может что и проясним.
Кстати, создал новую таблицу той же структуры. Ограничился созданием 25 четырехугольников. Залил как хотел ("плавная гамма"). Таблица сохраняется нормально, глюк "цветов карты" не наблюдается.
Вот так...
Раньше работал на MI 6.0, 8,0, 9.5. То ли полигонов было меньше, то ли такого глюка в тех версиях не было.
Ещё одно замечание. Количество всех узлов полигонов, имхо, приближается уже не к первой сотне тысяч. Может тоже имеет какое-то значение.
Что ещё. Используется "нестандартный" набор линий - файл mapinfo.pen. (Создан разработчиками нашей ГИС, если можно так сказать). Набор штриховок - стандартный.
Ну вроде как всё порассказал.
Кстати, thegeo, подскажи как построил такую красоту, ведь не ручками рисовал-заливал, а "играл" программно. Если не трудно, научи неучей!

И, кстати, заметил на вашем скриншоте: пары полигонов 305-306, 403,405 и другие имеют одинаковое оформление. Может тоже "глюк"?

P.S. Очень жаль, что отправить сам файл не могу - админы и безопасность блюдут, разве ж им объяснить, что в учебных целях... Будем и эту проблему решать, но не сегодня...
Всем спасибо!