Сохраните копию слоя shapefiles в систему координат Europe_Albers_Equal_Area_Conic ESRI:102013, только потом делайте разбивку этого проецированного слоя на зоны определённой площади.
Думаю, что проблема появления щелей происходит за счет переключения между системами координат с градусов на метры в процессе разбивки.