Рисуете "дырку" поверх прямоугольника.
Затем выбираете оба полигона.
Затем Edit - Subtract Features.
Затем удаляете нарисованную "дырку".
В зависимости от порядка выбора полигонов? если не будет вырезать "дырку", выберете тогда Edit - Intersect Features.