Обрати внимание, что статистики 2. В начале идет статистика GDAL'а из AUX, дальше - рассчитываемая:

Расчитываю статистику:

Удаляем слой, загружаем назад - статистики как не было.
Вывод, расчитываемая статистика - не тоже самое, что и статистика GDAL и хранится только в сессии (возможно в проекте или QML, надо проверить).