Извлекал скриптом, который мне подсказали когда-то на это форуме:
ogr2ogr -f "ESRI Shapefile" -sql "SELECT osm_id,name,admin_level AS fclass FROM multipolygons WHERE admin_level IS NOT NULL" -lco ENCODING=UTF-8 adminareas.shp ukraine-latest.osm.pbf
Однако, в итоговой карте именно на Чукотке выпало много полигонов. Видимо в fclass у них там ничего не стоит (от 2 до 11):

Я попробовал открыть pbf-файл напрямую, но QGIS "съел" все 40 гигабайт свободного места ни диске и мне пришлось закрыть программу.
Существуют ли какие-то еще способы извлечь недостающие полигоны из pbf-файла?