не хватает данных, чтобы посчитать статистики для DD=NA (надписи сократил для краткости, и поскольку имена не копипастятся, брал их по номерам)
Код: Выделить всё
> p<-bigmeteo
> table(p$punkt,is.na(p$DD))
                   
                    FALSE  TRUE
  Баштанка          15067    23
  Бобринець         17367    20
  Вел.Олександрівка 17416    19
  Комісарівка       17447     2
  Лозоватка         17350   105
  Лошкарівка        15114     2
если немного добавить, то все будет работать. 
Код: Выделить всё
p<-bigmeteo
p.names<-attr(p.tab, "dimnames")[[1]]
table(p$punkt,is.na(p$DD))
ind<-(bigmeteo$punkt==p.names[4]); is.na(p$DD[ind][1:5])<-TRUE
ind<-(bigmeteo$punkt==p.names[6]); is.na(p$DD[ind][1:5])<-TRUE
ggplot(aes(y=T, x=DD, fill=DD), data=p)+
      geom_violin()+labs(y=expression(paste("T (", degree ~ C, ")")), 
      x="wind", 
      title="T station 99932)")+
      theme(text=element_text(size=15))+guides(fill=F)+geom_boxplot(width=0.1)+facet_grid(punkt~.)
но лучше просто убрать NA, их там немного
Код: Выделить всё
p<-bigmeteo
ind<-is.na(p$DD) | is.na(p$T)
p<-p[!ind,]
ggplot(aes(y=T, x=DD, fill=DD), data=p)+
      geom_violin()+labs(y=expression(paste("T (", degree ~ C, ")")), 
      x="wind", 
      title="T station 99932)")+
      theme(text=element_text(size=15))+guides(fill=F)+geom_boxplot(width=0.1)+facet_grid(punkt~.)