В слое, по которому формируется атлас, каждый объект имеет уникальный номер (id_tab), почти все остальные слои в проекте в своей семантике имеют принадлежность к одному из (id_tab). Соответсвенно при экспорте атласа, отрисовываются только необходимые мне объекты на карте (все это прописано в оформлении слоя правилами (@atlas_featureid =id_tab). Собственно сейчас я не пользуюсь вот этими галочками. Ктонибудь может рассказать, чем они отличаются и как ими пользоваться? (всмысле какие правила вы в них используете)
