Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc (NetCDF)

[ericsson]

Нда.. понятно, что для открытия такого файла - нужен, как минимум, хороший базис знаний в математике и программировании. Так просто это не сделаешь.

Это нужно для того, чтобы вообще заниматься геоинформатикой без того, чтобы просить окружающих сделать всё за себя. Вам об этом говорят последние несколько лет.

Геоданные - это любые данные, которые включают либо геометрию, которая связана с координатами, либо отсчёты каких-то величин (измерения в определенных точках). А "слой на карте" - это всего лишь способ их отображения. При анализе или математическом моделировании, например, на карте отображается только результат множества операций с геоданными, да и то - не всегда: иногда результатом является вовсе не карта, а тоже какие-то числа. Вон, в соседней теме интересуются объемом земли, потребной для того, чтобы засыпать карьер. Это всего одно число в кубометрах, которое получается анализом цифровой модели поверхности, которая построена из карты карьера с горизонталями. И ни один из входных наборов визуализировать для решения задачи, в общем, совершенно не нужно. Работа с геоданными - есть, карты никакой нет.

[bolotoved]

Наталья, на скриншоте с программами, которой вы приводили вам нужно запустить не osgeo4w-setup, a самую нижнюю программу osgeo4w, должно открыться "черное окошко" в котором вы будете вводить команды.

(osgeo4w-setup служит для установки-удаления ГИС-пакетов).

[Denis Rykov]

Немного оффтопика. Или мне кажется, или топикстартеру уже объясняли что такое OSGeo4W и как им пользоваться? Заходим на второй круг. Наталья, как можно быть таким "ниасилятором", вам постоянно всё разжёвывают, а толку никакого.

[Natalia Novoselova]

Когда вам в руки попадает неведомый вам файл геоданных, первое, что вы должны сделать, это использовать утилиту GDAL для ознакомления с этим форматом и что содержит конкретный файл:

Код: Выделить всё

gdalinfo filename.nc

У меня при этой операции с файлом, скачанным по первой ссылке (2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc) он пишет "gdalinfo is not recognized as an internal or external command , operable program or batch file" (верхний принтскрин).

Причины может быть две. Или этот формат нельзя проанализировать при помощи утилиты gdalinfo (как поняла, она делает анализ растров, а файл .nc (NetCDF) это то, что может быть преобразовано в растр, а сам формат сложнее).
Вторая причина, что утилиты GDAL у меня не установлены. Я их не устанавливала раньше. Как поняла через OSGeo4W нужно устанавливать каждый пакет отдельно, а я раньше установила только один пакет msys. Описание этого было здесь: viewtopic.php?f=5&t=21416&start=15#p146055

Пробую тогда запустить опять osgeo4w-setup, чтобы установить утилиты GDAL. Как и в прошлый раз, следую этой инструкции: http://gis-lab.info/qa/qgis-osgeo4w.html
Но в статье, к сожалению, нет описания алгоритма, что надо выбрать, чтобы установить все утилиты GDAL (перечисленные в статье: http://gis-lab.info/qa/gdal-examples.html). То есть со стадии окна в нижнем принтскрине (выбор пакетов) я не знаю, как действовать, чтобы установить пакеты GDAL.

Хотя вопрос уже удалился в другую сферу. Если кто-то сможет по описанию понять, что мне делать, то .. мой вопрос как поставить утилиты gdal (все, а не выборочно). От этого попробую пройти дальше с открытием того файла.

[Denis Rykov]

Код: Выделить всё

Libs -> gdal

[trir]

а ведь не надо было ничего устанавливать - через PowerShell это делается на раз!

[Natalia Novoselova]

Libs -> gdal

Спасибо. Получилось )

а ведь не надо было ничего устанавливать - через PowerShell это делается на раз!

А в статье про GDALеще говорится про возможность пользоваться некоторыми утилитами GDAL пярмо внутри QGIS. Но мне важнее сначала так попробовать разобраться, напрямую, без кнопок.
PowerShell это программа ? Попробую и через нее позже.

[Natalia Novoselova]

Получилось открыть метаданные файла, скачиваемого по первой ссылке (2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc) через утилиту gdalinfo

Код: Выделить всё

C:\GIS_Doutorado_QS\Study>gdalinfo 2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc
Driver: HDF5Image/HDF5 Dataset
Files: 2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc
Size is 36000, 14002
Coordinate System is `'
Metadata:
  CDI=Climate Data Interface version 1.6.9 (http://mpimet.mpg.de/cdi)
  CDO=Climate Data Operators version 1.6.9 (http://mpimet.mpg.de/cdo)
  Conventions=CF-1.4
  created_by=R, packages ncdf and raster (version 2.2-31)
  date=2015-08-31 14:39:27
  history=Wed Sep 09 15:23:36 2015: cdo -f nc4c -z zip copy Forest_Aboveground_B
iomass_v3.nc Forest_Aboveground_Biomass_v3_2.nc
  _nc3_strict=1
Corner Coordinates:
Upper Left  (    0.0,    0.0)
Lower Left  (    0.0,14002.0)
Upper Right (36000.0,    0.0)
Lower Right (36000.0,14002.0)
Center      (18000.0, 7001.0)
Band 1 Block=36000x14002 Type=Float32, ColorInterp=Undefined
  Metadata:
    Forest_Aboveground_Biomass_v3_long_name=Forest_Aboveground_Biomass_v3
    Forest_Aboveground_Biomass_v3_max=611.399963378906
    Forest_Aboveground_Biomass_v3_min=0
    Forest_Aboveground_Biomass_v3_missing_value=-3.4e+038
    Forest_Aboveground_Biomass_v3_projection=+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs
 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0
    Forest_Aboveground_Biomass_v3_projection_format=PROJ.4
    Forest_Aboveground_Biomass_v3__FillValue=-3.4e+038

Информация при этом дотлична от метаданных, приложенных к самому файлу (то, что открывается при скачивании файла). То есть дано меньше. Хотя более понятно.:

NcDump
netcdf Forest_Aboveground_Biomassv3 { dimensions: longitude = 36000 ; latitude = 14002 ; variables: double longitude(longitude) ; longitude:standard_name = "longitude" ; longitude:long_name = "longitude" ; longitude:units = "degrees_east" ; longitude:axis = "X" ; double latitude(latitude) ; latitude:standard_name = "latitude" ; latitude:long_name = "latitude" ; latitude:units = "degrees_north" ; latitude:axis = "Y" ; float Forest_Aboveground_Biomass_v3(latitude, longitude) ; Forest_Aboveground_Biomass_v3:long_name = "Forest_Aboveground_Biomass_v3" ; Forest_Aboveground_Biomass_v3:_FillValue = -3.4e+38f ; Forest_Aboveground_Biomass_v3:missing_value = -3.4e+38f ; Forest_Aboveground_Biomass_v3:projection = "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0" ; Forest_Aboveground_Biomass_v3:projection_format = "PROJ.4" ; Forest_Aboveground_Biomass_v3:min = 0. ; Forest_Aboveground_Biomass_v3:max = 611.399963378906 ; // global attributes: :CDI = "Climate Data Interface version 1.6.9 (http://mpimet.mpg.de/cdi)" ; :history = "Wed Sep 09 15:23:36 2015: cdo -f nc4c -z zip copy Forest_Aboveground_Biomass_v3.nc Forest_Aboveground_Biomass_v3_2.nc" ; :Conventions = "CF-1.4" ; :created_by = "R, packages ncdf and raster (version 2.2-31)" ; :date = "2015-08-31 14:39:27" ; :CDO = "Climate Data Operators version 1.6.9 (http://mpimet.mpg.de/cdo)" ; }

Плохо то, что в обоих вариантах я не нахожу название переменной. Как в примере Болотоведа (viewtopic.php?f=1&t=21797#p148593) имя переменной содержалось в поле «NETCDF_VARNAME»:

В нашем случае, файл содержит всего один канал (переменная Band 1 в выводе gdalinfo). Далее нас интересует название переменной, которую мы хотим экстрагировать (NETCDF_VARNAME). В случае с температурой на высоте 2-х метров это NETCDF_VARNAME=T2MMEAN

А в рассматриваемом файле нет таких полей.

Единственное с “name” это long_name=Forest_Aboveground_Biomass_v3
Может быть, «Forest_Aboveground_Biomass_v3» есть название переменной? Исхожу из этого и пробую для примера открыть по коду из примера Болотоведа:

Итак, экстрагируем конкретный слой c помощью утилиты gdalwarp:

Код: Выделить всё

gdalwarp -of GTiff -t_srs EPSG:4326 \
netCDF:"MERRA2_100.statD_2d_slv_Nx.19800102.nc4.nc":T2MMEAN output.tif

Где
-of GTiff -- формат выходного файла
-t_srs EPSG:4326 -- целевая система координат (в данном случае +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs)
далее идет конструкция тип_файла:название_файла:название_слоя
может быть и так: тип_файла:название_файла:название_набора:название_слоя (это все смотрим в выводе gdalinfo)
output.tif -- путь и название выходного файла TIF

Подставляю свои параметры (принтскрин), - нет, не получается сделать geotiff. Выдает ошибку. Возможно, название переменной все же не это. Или где-то еще я ошиблась.

[nickleb]

Здравствуйте. А, где взять этот Ваш, Natalia, конкретный nc-файл? Ну, так, чтобы по этажам-проектам институтов М.Planka не сбить лапки мышке Тоже повозиться, м.б. ... Поучаствовать в online-учениях...

[Natalia Novoselova]

Здравствуйте. А, где взять этот Ваш, Natalia, конкретный nc-файл? Ну, так, чтобы по этажам-проектам институтов М.Planka не сбить лапки мышке Тоже повозиться, м.б. ... Поучаствовать в online-учениях...

Я пытаюсь открыть один из продуктов проекта Geocarbon. Мне это нужно не только для тренировки, но и для последующей работы с этими геоданными.
Чтобы скачать данный файл идем по этой ссылке:
https://www.bgc-jena.mpg.de/geodb/projects/Data.php
В верхнем окне выше «Donwload» кликнуть на стрелочку и выбрать «Geocarbon», потом нажать на саму кнопку «Donwload». Затем в списке данных найти «Forest Aboveground Biomass map» (N201). Справа от него кликнуть на «Donwload». При этом открывается окно с описанием метаданных (которые я приводила выше) и внизу опять кликнуть на «Donwload». Тут уже скачивается сам файл 2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc (170.5 mb)

Попробуйте .. вдруг у вас получится его открыть.

[nickleb]

Спасибо за пошаговую инструкцию!

[nickleb]

Без регистрации это сделать не удастся? - Так я понял...

[nickleb]

Почему-то, кажется, что, если Вы в R навыки имеете, то, задействовав package'и ncdf4 и raster, Вы прорвётесь, в geotiff'ы nc, конвертировав... Там же в R и rgdal есть...

[trir]

этот файл вообще в R сделан

:created_by = "R, packages ncdf and raster (version 2.2-31)" ;

Natalia выложили бы файл, а то регистрироваться муторно, а так мы бы файл помучили и может чего подсказали...

[Natalia Novoselova]

Без регистрации это сделать не удастся? - Так я понял...

Там простая регистрация

если не хочется проходить, попробуйте войти по моей регистрации:

Имя пользователя: natalieenov@gmail.com
Пароль: vCNUVLNc

На это окно выходишь, когда жмешь на последний "Download" в моем описании.


Если проблемы возникнут, выложу файл на свой гугл-диск (просто скорость Интернета конкретно сейчас плохая). Но у меня без проблем скачивалось с их сайта.

Почему-то, кажется, что, если Вы в R навыки имеете, то, задействовав package'и ncdf4 и raster, Вы прорвётесь, в geotiff'ы nc, конвертировав... Там же в R и rgdal есть...

Нет, в R пока тоже, к сожалению, особых навыков не имею. Так, простой стат анализ делала, дальше не продвинулось у меня с R; Но планы имею его освоить до уровня использования в своих задачах, попробую с ним тоже по этим наводкам.