система координат одна, а слои не совпадают.

[Denis Rykov]

У вас данные не содержат информации о привязке, поэтому в таком виде ничего совместить не получится. Информация о привязке, указанная в *.prj файлах не соответствует действительности.

[ТроЛоЛо]

И что можно сделать?

[Denis Rykov]

Привязать вектор. А что это какие-то уникальные данные, в OSM то этих данных нет? Вот тут посмотрите http://data.nextgis.com/osmshp/ Там бесплатно можно скачать.

[freeExec]

Границы там из ОСМ и они имею нормальную привязку(хотя не правильно указана, надо 3857).
А вот ваши дома рисовались без привязки, грубо говоря в локальной системе, которая не привязана к мировой. Поэтому ГИС их помещает в 0,0, так как не знает куда.
Самое простое, отложить своё и взять OSM, Питер нормально отрисован. Или же выяснить в какой проекции был снимок, который вы обрисовывали, указать для свои данных эту проекци и задем передвинуть их в нужное место на глобусе.