Не могу установить R-project на виртуальном хостинге

[alexkarta]

Успешно скомпилировал ряд мелких программ. Установил FWTools и GRASS из подготовленных универсальных бинарников для всех Linux.

Для R подготовленных универсальных бинарников не нашел. Скомпилировать не получается, т.к. когда выполняю make меня убивают, наверное из-за слишком продолжительного выполнения и слишком сильной нагрузки на сервер. Общался с техподдержкой, говорят запустите позже, но разницы никакой.

Скомпилировал у себя на Убунте в те же каталоги, скопировал на сервер, при выполнение логичная ошибка:

Код: Выделить всё

shell-init: error retrieving current directory: getcwd: cannot access parent directories: No such file or directory /home/alexkrt/bin/R/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

Что еще можно сделать? Как самому собрать универсальные бинарники?

[Максим Дубинин]

вот тут не оно случайно? http://cran.gis-lab.info/bin/linux/ubuntu/

[alexkarta]

Я так понимаю, мне это не поможет, т.к. не знаю какой дистрибутив на сервере (все возможные тесты закончились ничем, техподдежка тайну не выдает, такое ощущение, что сами что-то собрали) + у меня нет прав на установку пакетов. Поэтому и надежда была только на то, что подготовлено что-то в этом роде http://grass.osgeo.org/grass64/binary/linux/snapshot/ для unknown linux

[Александр Мурый]

Ну хотя бы ясно, что там Linux и CPU там 64bit, т.к. бинарники GRASS собраны были под x86_64.

Что выдает команда "g.version -b" -- информация про установку?
А стандартные "uname -a" и т.д. уже опробованы?

Может, стоит поставить из исходников libgfortran?

[alexkarta]

>Ну хотя бы ясно, что там Linux и CPU там 64bit, т.к. бинарники GRASS собраны были под x86_64.
Да, раньше я не подумал об этом.

uname -a:
Linux squid.xxx.xxx 2.6.18-294.8.1.el5.lve0.6.23 #1 SMP Thu Jul 22 11:56:30 EEST 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

>Может, стоит поставить из исходников libgfortran?
попробую

Еще один вариант есть, сделаю скрипт для автоматической компиляции R, и запущу его через CRON, пусть каждый час пытается

[Александр Мурый]

Стало еще немного яснее -- там стоит либо RHEL, либо (даже вероятней) Centos -- об этом говорит "..el5.."

А ставить rpm точно не разрешается? Хотя без прав root все равно бесполезно, проще тогда из исходников.
)) Ну и задолбает же их этот cron... ))

[peter_lemenkov]

Я так понимаю, мне это не поможет, т.к. не знаю какой дистрибутив на сервере (все возможные тесты закончились ничем, техподдежка тайну не выдает, такое ощущение, что сами что-то собрали) + у меня нет прав на установку пакетов.

Надеюсь. что вы за это говно денег не заплатили? А по теме - купите нормальный выделенный сервер и зажигайте на нем от души!

[alexkarta]

Надеюсь. что вы за это говно денег не заплатили? А по теме - купите нормальный выделенный сервер и зажигайте на нем от души!

Ну, в общем, это стандартные условия для виртуального хостинга, мне больше всего понравился неограниченный трафик и неограниченный объем хранимой информации. Выделенный сервер для меня дороговат, но, что более важно, я не хочу заниматься администрированием. На остальное времени не остается, есть опыт администрирования домашнего сервера, задолбался. А здесь, захотел новый ящик или субдомен - один клик и все готово. Ради этого готов помучатся с компилированием.

Собственно говоря, продолжаю мучатся. С CRON не сработало, ставил через каждые пол-часа make так и не закончил дело. Остается еще 2 варианта:
1) На сервере, как верно заметил Amuriy, за что ему спасибо, стоит CentOS release 5.4. Я попробую поставить Cent под VirtualBox, скомпилировать R вместе с зависимостями
2) Напишу в техподдержку и попрошу администраторов выполнить мой make (это оставлю на последок, т.к. появился спортивный интерес)

[peter_lemenkov]

...я не хочу заниматься администрированием. На остальное времени не остается, есть опыт администрирования домашнего сервера, задолбался. А здесь, захотел новый ящик или субдомен - один клик и все готово. Ради этого готов помучатся с компилированием.

Собственно говоря, продолжаю мучатся. С CRON не сработало, ставил через каждые пол-часа make так и не закончил дело. Остается еще 2 варианта:
1) На сервере, как верно заметил Amuriy, за что ему спасибо, стоит CentOS release 5.4. Я попробую поставить Cent под VirtualBox, скомпилировать R вместе с зависимостями
2) Напишу в техподдержку и попрошу администраторов выполнить мой make (это оставлю на последок, т.к. появился спортивный интерес)

Офигеть какая экономия времени на администрировании! И это при том, что в EPEL есть достаточно большой набор пакетов для R, ставящийся за секунды. Продолжайте грызть кактус дальше, чего уж там.

Я бы вас уволил, кстати, как только бы узнал, что вы так бессмысленно тратите свое рабочее время.

[alexkarta]

Собственно, сработал вариант 2:

2) Напишу в техподдержку и попрошу администраторов выполнить мой make

С CentOS не получилось, вылезла та же ошибка, которая была при компилировании в Ubuntu, только на этот раз он не мог найти библиотеку libgfortran.so.1. Проблема, думаю, в том, что, как сказал Amuriy, система x64, там папка с библиотеками называется не lib, а lib64, и библиотеки, вероятно несколько отличаются. Проблема в том, что под VirtualBox, насколько я понял, нельзя запустить x64, т.к. нужно соответствующее железо. Я попробовал установить gcc для x64, правда так и не нашел с libgfortran.so.1 (попробовал так ln libgfortran.so.3.0.0 libgfortran.so.1 ), а версию скомпилированную в Ubuntu (там не получалось загрузить libgfortran.so.3) уже удалил. Добавил в .bashrc LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64;export LD_LIBRARY_PATH, получил ошибку:

error while loading shared libraries: libgfortran.so.1: wrong ELF class: ELFCLASS64

На этом спортивный запал закончился

[alexkarta]

Служба техподдержки не зря есть свой хлеб, вопрос решили быстро, навели мне порядок в каталогах, да еще и оказались очень вежливыми ребятами:

Hello,
This has been done. Please verify.
I will go ahead and close thos ticket. If you require any further assistance please don't hesitate to let us know.
Regards,...

[Александр Мурый]

Интересно: а ради чего вся шарага-то? А то я не понимаю в этих вирт. хостингах.. Для чего стоит заводить себе такую игрушку? Удаленный доступ к GRASS + R или для веб-картографии или..?

[alexkarta]

Просто реализуем ряд аналитических моделей онлайн. В нашем случае есть, например, модель приливов, которая считывает параметры из get запроса и по гармоническим постоянным строит ход уровня моря (и наоборот) на заданный период с заданной дискретностью, или анализируются спутниковые данные по дрейфу льда - во всех случаях строятся графики считается статистика. GRASS на сегодняшний день использую для оперативной подготовки данных по концентрации льда для отображения через мапсервер. Есть массив данных по концентрации льда в арктике, GRASS для разных сучаев подбирает разные маски, округляет значения или просто выдает информацию о наличии отсутствии льда в заданной точке в определенное время, результирующие растры отображаются в мапсервере. Сейчас пробую через грасс показывать трехмерки в окне браузера, пока получается не очень быстро.