Edge & Circle Detection in Images
-
- Гуру
- Сообщения: 920
- Зарегистрирован: 30 дек 2008, 14:11
- Репутация: 236
- Откуда: Ханты-Мансийск
- Контактная информация:
Edge & Circle Detection in Images
Проблема: есть множество отсканированных карт распространения биологических видов. На контурной карте точками отображен ареал вида. Нужно автоматизировать процесс распознавания таких точек и эксракцию координат их центров в таблицу.
Есть статья, как подобная задача решается в MathLab: http://blogs.mathworks.com/pick/2008/05 ... -an-image/ на примере распознавания клеток на микрофотографии.
Ранее в R был модуль edci (Edge Detection and Clustering in Images), с помощью которого, вероятно, можно было бы решить данную задачу. Но этот модуль по каким-то причинам был удален из репозитория R, хотя код его остался (на C++).
М.б. есть еще какие-то модули для R позволяющие решать сходные задачи?
Есть статья, как подобная задача решается в MathLab: http://blogs.mathworks.com/pick/2008/05 ... -an-image/ на примере распознавания клеток на микрофотографии.
Ранее в R был модуль edci (Edge Detection and Clustering in Images), с помощью которого, вероятно, можно было бы решить данную задачу. Но этот модуль по каким-то причинам был удален из репозитория R, хотя код его остался (на C++).
М.б. есть еще какие-то модули для R позволяющие решать сходные задачи?
-
- Гуру
- Сообщения: 4056
- Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
- Репутация: 1054
- Ваше звание: программист
- Откуда: Казань
Re: Edge & Circle Detection in Images
это задачка не для R, возьмите пакет ITK (http://www.itk.org/), это открытое ПО. Можете скомпилировать сами под свою машину, и там вроде есть бинарники.bolotoved писал(а):Проблема: есть множество отсканированных карт распространения биологических видов. На контурной карте точками отображен ареал вида. Нужно автоматизировать процесс распознавания таких точек и эксракцию координат их центров в таблицу.
P.S. И из сообщения непонято, что вы хотите распознавать - точки или ареалы (площадные объекты). Если точки (значки), то хватит элементарной корреляции с заданным паттерном. Пакет, который в Матлабе, использует преобразование Хафа и ищет окружности в пространстве образов. Скорее всего, в ITK он тоже есть, по крайней мере есть бинарник с именем HoughTransform2DCirclesImageFilter.exe
-
- Гуру
- Сообщения: 920
- Зарегистрирован: 30 дек 2008, 14:11
- Репутация: 236
- Откуда: Ханты-Мансийск
- Контактная информация:
Re: Edge & Circle Detection in Images
Распознавать нужно именно точки.gamm писал(а):И из сообщения непонято, что вы хотите распознавать - точки или ареалы
Да действительно, народ для таких целей не рекомендует использовать R. А чем хорош именно ITK, почему не более широко известный ImageJ?
Нашел инструкцию по детекции окружностей для ImageJ в данном плагине также применяется трансформация Хафа.
-
- Гуру
- Сообщения: 4056
- Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
- Репутация: 1054
- Ваше звание: программист
- Откуда: Казань
Re: Edge & Circle Detection in Images
ну, хотя бы потому, что ITK - профессиональная система обработки медицинских изображений, написанная на нормальном языке программирования. В остальном - дело вкуса.bolotoved писал(а):А чем хорош именно ITK, почему не более широко известный ImageJ?
-
- Гуру
- Сообщения: 5173
- Зарегистрирован: 26 сен 2009, 16:26
- Репутация: 793
- Ваше звание: званий не имею
- Откуда: Москва
Re: Edge & Circle Detection in Images
А в OTB этого случайно нет?
Редактор материалов, модератор форума
-
- Гуру
- Сообщения: 4056
- Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
- Репутация: 1054
- Ваше звание: программист
- Откуда: Казань
Re: Edge & Circle Detection in Images
там только "линейный" Хаф, циркулярного я не нашел
P.S. возникло ощущение, что OTB написан (местами) поверх ITK ...
P.S. возникло ощущение, что OTB написан (местами) поверх ITK ...
- Максим Дубинин
- MindingMyOwnBusiness
- Сообщения: 9128
- Зарегистрирован: 06 окт 2003, 20:20
- Репутация: 747
- Ваше звание: NextGIS
- Откуда: Москва
- Контактная информация:
Re: Edge & Circle Detection in Images
Так оно так и есть http://orfeo-toolbox.org/otb/gamm писал(а):P.S. возникло ощущение, что OTB написан (местами) поверх ITK ...
Для выделения таких вещей еще хорош OpenCV
пристегивайтесь, турбулентность прямо по курсу
-
- Гуру
- Сообщения: 4056
- Зарегистрирован: 15 окт 2010, 08:33
- Репутация: 1054
- Ваше звание: программист
- Откуда: Казань
Re: Edge & Circle Detection in Images
не, там много чего нет. Даже если использовать вместе с платными интеловскими IPP+MKL. К тому же это библиотека, а ITK подобен GDAL, т.е. имеет набор готовых утилит, позволяющих не-программисту собрать цепочку обработки. Там еще вроде даже есть и GUI какой-то.Максим Дубинин писал(а):Для выделения таких вещей еще хорош OpenCV
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей