Как открыть файл (геоданные) с расширением .nc (NetCDF)

[nickleb]

Выложите, Nstalia, лучше, пожалуйста, уже Вами скачанный. Так и народу будет удобнее, кто тему просматривает и пожелает Вам помочь.

[Natalia Novoselova]

Выложите, Nstalia, лучше, пожалуйста, уже Вами скачанный. Так и народу будет удобнее, кто тему просматривает и пожелает Вам помочь.

Выложила файл на свой гугл диск (170.5 мб)
https://drive.google.com/file/d/0B6TJ2V ... sp=sharing

Скачивается?

[nickleb]

Да, Natalia!

[nickleb]

Natalia, вот в R через package ncdf4:

Код: Выделить всё

rm(list=ls())
library(ncdf4)
#fnc - netcdf file name ...
fnc <- "2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc"
#nc - open file...
if (file.exists(fnc)) {
  nc <- nc_open(fnc)
  #Look structure ...
  print(nc)
  #Lon - longitide
  Lon <- ncvar_get(nc, "longitude")
  #print head seven rows Lon ...
  head(Lon, 7)
  #print tail seven rows Lon ...
  tail(Lon, 7)
  #Lat - latitude ...
  Lat <- ncvar_get(nc, "latitude")
  #print head seven rows Lat ...
  head(Lat, 7)
  #print tail seven rows Lat ...
  tail(Lat, 7)
  FAB <- ncvar_get(nc,"Forest_Aboveground_Biomass_v3")
  #....
}

Но ошибка - маловато памяти:

Error: cannot allocate vector of size 3.8 Gb

Пока только этого с ходу добился в чтиве Вашего файла...

До этого пробовал в QGIS 2.18 - зависал. Пробовал также в OceanDataView - зависал также на 25 % импорта...
У меня памяти всего 4... Windows 10... В R - хоть это стало ясно - память...

[nickleb]

... в R можно вот так в привычный geotiff попробовать через package raster:

Код: Выделить всё

library(raster)
print(getwd())
fnc <- "2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc"
rstr<-raster(fnc)
rstr
writeRaster(rstr, "2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3",
            format="GTiff", overwrite=TRUE)

[Natalia Novoselova]

Но ошибка - маловато памяти:

Error: cannot allocate vector of size 3.8 Gb

Пока только этого с ходу добился в чтиве Вашего файла...

До этого пробовал в QGIS 2.18 - зависал. Пробовал также в OceanDataView - зависал также на 25 % импорта...
У меня памяти всего 4... Windows 10... В R - хоть это стало ясно - память...

Это он так возрастает при открытии его как вектор? С 170 мб до 3.8 гб.

Да, может быть через растр geotiff его тогда правильней открыть?

Сейчас бы хоть как его открыть, чтобы понять, как это вообще будет.

[Denis Rykov]

Наталья, вы издеваетесь? Сообщения об ошибках читать умеете? Вот вам пишет GDAL:

Код: Выделить всё

ERROR 4: '\netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3' does not exist in the file system

Очевидно же, что у вас имя файла начинается не с '\'. Вы тупо скопипастили (и то неправильно) команду, которую вам дали и даже не удосужились вникнуть. Если что, то в Bash символом '\' разделяются строки одной команды, если требуется перенос на другую строку. У вас такая ситуация? Нет. Так какого-же спрашивается вы лепите ненужные символы в команду, а потом удивляетесь тому, что ничего не работает. Если написать команду правильно, то всё конвертируется без проблем:

Код: Выделить всё

$ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif
Creating output file that is 360P x 140L.
Processing input file netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3.
Using internal nodata values (e.g. -3.4e+38) for image netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3.
Copying nodata values from source netCDF:2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc:Forest_Aboveground_Biomass_v3 to destination output.tif.
0...10...20...30...40...50...60...70...80...90...100 - done.

[Natalia Novoselova]

Если написать команду правильно, то всё конвертируется без проблем:

Хорошо, что у вас получилось. Это подает надежду, что можно разобраться.

А у меня не получилось написать команду правильно. Перебрала все пришедшие на ум комбинации.
Если вы дадите ваш вариант команды мне это поможет разобраться.

[Denis Rykov]

... глаза выше поднимите. Я не знаю как с вами разговаривать. Вот же она команда, вот, написана. Не заметили? Ещё раз для тех, кто в танке:

Код: Выделить всё

$ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif

[Natalia Novoselova]

... глаза выше поднимите. Я не знаю как с вами разговаривать. Вот же она команда, вот, написана. Не заметили? Ещё раз для тех, кто в танке:

Код: Выделить всё

$ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif

С этого и начала. Все комбинации - 2 первые строчки (что похоже на код Болотоведа), всё сразу..
Может, у меня что-то не доставлено? Он у меня и первый знак в вашем коде $ не понимает.

Скорее всего, я все-таки что-то не то делаю. ((

[Denis Rykov]

$ не нужно вводить, это признак того, что следующая команда вводится в консоли. И это у меня не две строчки, а одна. И ещё - если вы не хотите вводить полный путь до файла, то перейдите в директорию с файлом - это, надеюсь, очевидно?

[Natalia Novoselova]

$ не нужно вводить, это признак того, что следующая команда вводится в консоли. И это у меня не две строчки, а одна.

Ну output.tif правда сделалася.
Но при этом не было выдано того текста, что идет ниже первой строчки, которую я вводила в консоль ($ gdalwarp -ts 360 140 netCDF:"2016121233557Forest_Aboveground_Biomassv3.nc":Forest_Aboveground_Biomass_v3 output.tif)


И он весит 200 кб. И явно ничего не отображает в смысле значений переменных.

А у вас какого он размера?

Думаю, все же что-то делаю не так. Принтскрин прилагаю.

Еще попробую комбинации.

[Denis Rykov]

Да, 200Кб, потому что я специально уменьшил размер выходного файла (-ts 360 140 ), если нужно больше, то можете не использовать этот ключ. Вы открывали получившийся файл? Вот у меня в QGIS все прекрасно открывается и идентифицируется. Но у вас какие-то ошибки, видимо, используются старые версии библиотек. Проверьте версию библиотеки NetCDF, должна быть 4. Получившийся файл приложил.

[Natalia Novoselova]

Да, 200Кб, потому что я специально уменьшил размер выходного файла (-ts 360 140 ), если нужно больше, то можете не использовать этот ключ. Вы открывали получившийся файл? Вот у меня в QGIS все прекрасно открывается и идентифицируется. Но у вас какие-то ошибки, видимо, используются старые версии библиотек.

Нет, не открывается как у вас.
Видимо, дело в ошибках.. Вряд ли старые библиотеки, я же только сегодня все устанавливала. Вероятно, при установке что-то не так пошло. Хотя сообщений не было… странно..
Попробую разобраться или переделать.

Ну хоть общий ход стал понятен. Относительно открытия файла .nc растром.


Может быть, есть какой-то мануал по введению в GDAL, который вы всем рекомендуете. Чтобы можно было попробовать поразбираться в коде по этим примерам. Если есть, то и мне можно его порекомендовать. )
Так, конечно, много всего в сети есть.

[Denis Rykov]

В OSGeo4W GDAL как-то неправильно собран, есть похожий тикет, приложил туда информацию о вашей проблеме, у меня тоже воспроизводится #293.